Abarca un periodo de 475 años. Tras la victoria de Tonalá (acaecida el 25 de marzo de 1530), Nuño de Guzmán goza del tributo y homenaje de todas comunidades del valle de Atemajac, donde hoy se asienta la capital jalisciense. Inclusive, el conquistador aspira a ser nombrado por Carlos I de España como el primer marqués del Valle de Tonalá. Sin embargo, la ciudad tuvo cuatro asentamientos antes de establecerse su estancia en dicha capital, en un principio estuvo en Nochistlán en el paraje conocido como el zapote hoy conocida como San Juan.
La fundó Cristóbal de Oñate el 5 de enero de 1532, quien al efecto había sido comisionado por Nuño de Guzmán. Este deseaba contar con una ciudad que le sirviera para asegurar sus conquistas. Entre La Villa de Guadalajara la fundaron 42 vecinos; el nombre de Guadalajara lo tomaron en recuerdo de la ciudad española homónima, cuna de Nuño de Guzmán. Poco duró la Villa en este sitio, con la anuencia de Guzmán, Juan de Oñate (hijo de Cristóbal de Oñate), Miguel de Ibarra y Sancho Ortiz, el 19 de mayo de 1533, proyectaron mudarla de lugar. Así, para el día 8 de agosto de 1533, Guadalajara se encontraba en su segundo asiento.