Ang kasalukuyang Apolinario Mabini Elementary School ay kilala bilang Sta. Cruz Intermediate Elementary School na matatagpuan sa kalye ng Raon at Evangelista na (ngayon ay Gonzalo Puyat Street) at kalaunan ay naging Apolinario Mabini Intermediate School. Ang paglipat ng Paaralang Mabini sa kasalukuyan nitong kinatatayuan sa kalye ng Severino at Soler ay nangyari sa pamumuno ni Gng. Engracia Yamson, kauna -unahang punongguro ng AMES. Napasakamay ng paaralan ang lupang kinatitirikan nito noon Abril 22, 1910. Ito ang kauna-unahan at nag iisang Intermediate School sa buong distrito ng Quiapo. Mayroon lamang itong dalawang palapag na semi konkreto na pangunahing gusali noong Abril 24, 1919. Dito nagsimula ang paaralan sa dalawampu’t dalawang kaguruan at isang libong mag-aaral. Noong 1932, pinalitan ni Gng. Mariciana Tinio, punongguro, ang pangalan ng paaralan sa Apolinario Mabini Elementary School.
Sa panahon ng kolonyalismong hapones noong 1941, ang paaralan ay nagging opisina ng asosasyon ng kapitbahayan (Office of Neighborhood Associations). Taong 1956, itinayo ang Edukayong Pantahanan at Pangkabuhayan at Annex Building. Taong 1965, habang lumalaki ang populasyon ng mga mag-aaral ay itinayo naman ang Roces Building at kalunan ay itinayo rin and seven-unit Marcos Prefab noong 1966. Disyembre 1970, ipinag-utos ng dating alkalde na si Antonio Villegas ang paggiba ng dalawang palapag na semi - konkretong gusali ng paaralan upang bigyang daan ang pagpapatayo ng bagong konkretong gusali na may apat na palapag. Ang pagpapatayo ng bagong gusali ay sakop ng Ordinansa bilang 6963 “Being Phil-Stressed Structure.”
Nagkaroon ng malawakang pagbabago sa paaralan sa taong 1980-1984, sa panunungkulan ni Dr. Lilia Estacio. Bagong gusali para sa mga Kindergarten at unang baitang. Itinayo ang dalawang palapag na may sampung silid-aralan at tinawag na Bagong Lipunan. Sa pamumuno ni Gng. Ligaya Pineda noong 1993, nagpatayo ng gusali na may labindalawang silid-aralan sa ikalawa at ikatlong palapag at conference room. Pinatayo din ang Fugoso Building para sa non-Formal Education, Aviary at Media Center. Pagkatapos ng panununkulan niya sinundan naman nito ni Dr. Carolina C. Dizon.
Taong 2005-2008, nanungkulan sa paaralan si Dr. Lidwina M. Bobis na sinundan naman ng pamumuno ni Dr. Zenaida Pontiñoza noong 2008-2011, ipinatayo ang Teachers’ Lounge sa tulong ni Cong. Harry Angping at kompanyang Oishi. Nagkaroon bagong gusali sa harap ng Kalayaan sa pamumuno ni Dr. Concepcion Vasquez noong 2013 para sa Madrasah. Sinundan naman ni Bb. Edna P. Parcon ang pamamahala sa AMES noong 2014, nagkaroon ng Audio English Lab at BLT Feeding Program sa pakikipagtulungan ng FEU Jollibee. Nanungkulan si Gng. Lorna Arceo noong 2014-2016, ipinatayo niya ang covered court na pinondohan ng National Fund at ang Katipunan Building bilang kapalit ng pinagibang Imelda Building na dating Gabaldon. Sa pamumuno ni G. Andres C. Pelayo taong 2016-2020, naipatayo ang Katarungan Building na may limang palapag, na inokupahan ng mga mag-aaral mula Kindergarten hanggang ikalawang baitang. Sa nasabi ding gusali matatagpuan ang klinika at DRRM. Taong 2020-2022 nang dumating sa AMES si G. Rodel C. Sampang, pamana sa atin ay ang Washing Area bilang tugon sa pandemya.
Sa kasalukuyan, ang Paaralang Apolinario Mabini ay pinamumunuan ni Gng. Maria Cereza Amparo A. Maguyon. Nauna na niyang ginawa ang pagpapaganda ng paaralan gaya ng murals sa entablado at hallway ng Main Building. Pagsasaayos ng mga sirang palikuran at elektripikasyon. Rehabilitasyon ng Media Center gaya ng pagpapagawa ng nasirang kisame, ilaw at pagpapalagay ng aircon. Nagpagawa din siya ng eksklusibong palikuran para sa mga guro at kantina. Sa loob lamang ng mahigit na anim na buwan na panunungkulan ni Gng. Maguyon ay masasabing may mga pamana na siyang kaniyang maipagmamalaki sa kaniyang paglisan sa paaralan.
Malayo na ang narating ng Paaralang Apolinario Mabini mula nang ito’y magsimula noong taong 1919 at sa kasalukuyan patuloy itong humuhubog ng mga kabataan sa pagbibigay ng magandang kalidad ng edukasyon, pagsasaayos ng pasilidad sa paaralan, at patuloy na isinusulong ang pangkalahatangpag-unlad ng katauhan ng mga mag-aaral na tumutugon sa mga hamon ng lipunan. Tinitiyak ng Paaralang Mabini na ang karunungan at kasanayang nakamit nila sa paaralan ay maghahatid sa kanila sa tagumpay.
Mabini Main building