ความแตกต่างของสายพันธุ์กาแฟกาแฟที่ปลูกในประเทศไทยจะมีอยู่ 2 สายพันธุ์ คือ สายพันธุ์อาราบิก้า และสายพันธุ์โรบัสต้า
- สายพันธุ์อาราบิก้า : สายพันธุ์นี้เติบโตได้ดีในเขตพื้นที่ทางภาคเหนือบนดอยสูงของประเทศไทยเนื่องจากเป็นพันธุ์ที่ชอบอากาศเย็นจึงให้ผลผลิตได้ดีในแถบตอนเหนือของประเทศ คิดเป็น 10% ของพื้นที่ (ปริมาณคาเฟอีนและความแน่นของมวล < น้อยกว่าโรบัสต้า)
- สายพันธุ์โรบัสต้า : สายพันธุ์นี้เติบโตและให้ผลผลิตได้ดีในเขตพื้นที่ทางภาคใต้ของประเทศ เนื่องจากเป็นพันธุ์ที่ชอบอยู่ในอากาศชื้น จึงนิยมปลูกกันมากในภาคใต้ แถบจังหวัดชุมพรลงมา คิดเป็น 90% ของพื้นที่มื่อเทียบกับอาราบิก้า (ปริมาณคาเฟอีนและความแน่นของมวล > มากกว่าอาราบิก้า เข้มถึงใจ)