วัดต้นแก้ว สร้างขึ้นเมื่อพุทธศักราช ๑๘๒๕ ตามประวัติวัดแจ้งว่า สร้างประมาณพุทธศักราช ๒๓๔๙ โดยสันนิษฐานว่าย้ายมาจากวัดดอนแก้ว ซึ่งเป็นวัดที่สร้างสมัยพระนางเจ้าจามเทวี เริ่มสร้างเมืองลำพูน ที่ย้ายมาเนื่องจากวัดดอนแก้วเป็นวัดใหญ่ขาดการดูแลรักษาจึงผุพังไปตามกาลเวลา พระอธิการกัณฑ์ จึงได้ย้ายมาสร้างวัดต้นแก้วขึ้นใหม่ โดยมีแม่เฟย พร้อมดัวยผู้มีจิตศรัทธาช่วยกันก่อสร้างวัด ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ. ๑๘๓๐
การบริหารและการปกครองอยู่ในอำนาจของเจ้าอาวาส มีเจ้าอาวาสเท่าที่ทราบนามมามีทั้งหมด ๑๐ รูป คือ รูปที่ ๑ พระอธิการกัณฑ์ รูปที่ ๒ พระอธิการอินจัย รูปที่ ๓ พระอธิการอิ่นคำ รูปที่ ๔ พระอธิการทองสุข รูปที่ ๕ พระมหาสม ใหญ่พงษ์ รูปที่ ๖ พระอธิการคำ เขื่อนเรือง รูปที่ ๗ พระอธิการทองดี สิงคลิง รูปที่ ๘ พระอธิการบุญชุม บวรธมโม รูปที่ ๙ พระอธิการผจญ อคฺคธมโม รูปที่ ๑๐ พระครูไพศาลธีลคุณ จนถึงปัจจุบัน