เมื่อวันที่ ๓๐ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๒๘  พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร ทรงมีพระราชดำรัสกับหม่อมเจ้า จักรพันธ์เพ็ญศิริ  จักรพันธ์  องคมนตรี  และนายสุเมธ  ตันติเวชกุล  ผู้อำนวยการสำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (กปร.) ให้ร่วมกันพิจารณาจัดตั้งสถานฝึกอบรมเยาวชนเกษตร วัดญาณสังวรารามวรมหาวิหาร อันเนื่องมาจากพระราชดำริ

           เมื่อปี พ.ศ.  ๒๕๒๙  มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์บางเขน  วิทยาลัยเกษตรกรรมชลบุรี และกรมการศึกษานอกโรงเรียน  ได้ร่วมกันจัดทำหลักสูตรและฝึกอบรมนักศึกษารุ่นแรก จำนวน ๗ คน โดยมอบหมายให้กรมการศึกษานอกโรงเรียน โดยศูนย์ฝึกและพัฒนาอาชีพราษฎรไทยบริเวณชายแดนจังหวัดปราจีนบุรี  ซึ่งมี  ดร.กล้า  สมตระกูล เป็นผู้อำนวยการ และนายสมศักดิ์  พดด้วง หัวหน้าฝ่ายวิชาการเกษตรกรรมเป็นผู้อำนวยการฝึกอบรม

          เมื่อปี พ.ศ.๒๕๓๕ คณะรัฐมนตรีได้พิจารณาเห็นชอบให้เป็นสถานศึกษาสังกัดกรมการศึกษานอกโรงเรียน (ปัจจุบันคือ สำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย) พร้อมกับชื่อใหม่  คือ “ศูนย์ฝึกและพัฒนาอาชีพเกษตรกรรมวัดญาณสังวรารามวรมหาวิหาร อันเนื่องมาจากพระราชดำริ”