A pedagogia agostiniana é baseada em um processo integral que pretende fazer emergir e dinamizar, através da força cognitiva do amor, todas as potencialidades latentes do estudante. Este processo integral está composto pelas competências intelectuais, morais e da vontade além, claro, da espiritualidade que, no Colégio Santo Agostinho, é parte integrante das atividades pedagógicas. Esse trabalho nasce no departamento de pastoral, o Centro de Formação Cristã, mas nossa realidade não é a de ter um departamento de pastoral isolado, mas sim, ter um colégio em pastoral que transpira a identidade católica agostiniana recoleta e todos os envolvidos no processo educativo colaboram para alcançar esta meta. As atividades passam por 4 eixos principais: anúncio e formação; celebração e oração; vivência em comunidade e serviço/apostolado e buscam ressaltar os valores agostinianos da interioridade, verdade, liberdade, amizade, comunidade e justiça social.