ประเพณีลอยกระทงเป็นประเพณีโบราณของอินเดียที่ประเทศไทยรับเข้ามาปฏิบัติ แต่ไม่ปรากฏหลักฐานชัดเจนว่าทำกันมาตั้งแต่เมื่อไหร่ เท่าที่ปรากฏกล่าวได้ว่ามีมาตั้งแต่สมัยสุโขทัยเป็นราชธานี พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงสันนิษฐานว่า เดิมทีเดียวเห็นจะเป็นพิธีของพราหมณ์กระทำเพื่อบูชาพระผู้เป็นเจ้าทั้งสาม คือ พระอิศวร พระนารายณ์ และพระพรหม ต่อมาได้ถือตามแนวทางพระพุทธศาสนามีการปล่อยโคมลอยเพื่อบูชาพระบรมสารีริกธาตุพระจุฬามณีในชั้นดาวดึงส์ และลอยกระทงเพื่อบูชารอยพระพุทธบาท ซึ่งประดิษฐาน ณ หาดทรายแม่น้ำนัมมทา (แม่น้ำนัมมทา เป็นแม่น้ำที่คู่ขนานกับทิวเขาวินธัย ไหลลงภาคตะวันตกของอินเดียแบ่งเขตอินเดียออกเป็นภาคเหนือและภาคใต้)
ในหนังสือตำรับท้าวศรีจุฬาลักษณ์ หรือตำนานนางนพมาศ ซึ่งเป็นพระสนมเอก ของพระมหาธรรมราชาลิไทยหรือพระร่วง แห่งกรุงสุโขทัย ได้กล่าวถึงวันเพ็ญเดือนสิบสองว่า เป็นเวลาเสด็จประพาสลำน้ำ ตามพระราชพิธีในเวลากลางคืน และได้มีรับสั่งให้บรรดาพระสนมนางในทั้งหลาย ตกแต่งกระทงประดับดอกไม้ธูปเทียน นำไปลอยน้ำหน้าพระที่นั่ง ในคราวนั้น ท้าวศรีจุฬาลักษณ์ หรือนางนพมาศพระสนมเอก ก็ได้คิดประดิษฐ์กระทงเป็นรูปดอกบัวกมุทขึ้น ด้วยเห็นว่าเป็นดอกบัวพิเศษ ที่บานในเวลากลางคืนเพียงปีละครั้งในวันดังกล่าว สมควรทำเป็นกระทงแต่งประทีป ลอยไปถวายสักการะรอยพระพุทธบาท ซึ่งเมื่อพระร่วงเจ้าได้ทอดพระเนตรเห็น ก็รับสั่งถามถึงความหมาย นางก็ได้ทูลอธิบายจนเป็นที่พอพระราชหฤทัย พระองค์จึงมีพระราชดำรัสว่า "แต่นี้สืบไปเบื้องหน้าโดยลำดับ กษัตริย์ในสยามประเทศ ถึงกาลกำหนดนักขัตฤกษ์ วันเพ็ญเดือน 12 ให้นำโคมลอยเป็นรูปดอกบัว อุทิศสักการบูชาพระพุทธบาทนัมมทานที ตราบเท่ากัลปาวสาน" ด้วยเหตุนี้ เราจึงเห็นโคมลอยรูปดอกบัวปรากฏมาจนปัจจุบัน
นอกจากนี้ ลอยกระทง ก็ยังมีวัตถุประสงค์ เพื่อบูชาพระอุปคุตเถระที่บำเพ็ญบริกรรมคาถาในท้องทะเลลึก หรือสะดือทะเล บางแห่งก็ลอยกระทง เพื่อบูชาเทพเจ้าตามความเชื่อของตน บางแห่งก็เพื่อแสดงความขอบคุณพระแม่คงคา ซึ่งเป็นแหล่งน้ำให้มนุษย์ได้ใช้ประโยชน์ต่างๆ รวมทั้งขอขมาที่ได้ทิ้งสิ่งปฏิกูลลงไป ส่วนบางท้องที่ ก็จะทำเพื่อระลึกถึงบรรพบุรุษที่ล่วงลับ หรือเพื่อสะเดาะเคราะห์ ลอยทุกข์โศกโรคภัยต่างๆ และส่วนใหญ่ก็จะอธิษฐานขอสิ่งที่ตนปรารถนาไปด้วย
พระยาอนุมานราชธน ได้สันนิษฐานว่า ต้นเหตุแห่งการลอยกระทง อาจมีมูลฐานเป็นไปได้ว่า การลอยกระทงเป็นคติของชนชาติที่ประกอบกสิกรรม ซึ่งต้องอาศัยน้ำเป็นสำคัญ เมื่อพืชพันธุ์ธัญชาติงอกงามดี และเป็นเวลาที่น้ำเจิ่งนองพอดี ก็ทำกระทงลอยไปตามกระแสน้ำไหล เพื่อขอบคุณแม่คงคา หรือเทพเจ้าที่ประทานน้ำมาให้ความอุดมสมบูรณ์ เหตุนี้ จึงได้ลอยกระทงในฤดูกาลน้ำมาก และเมื่อเสร็จแล้ว จึงเล่นรื่นเริงด้วยความยินดี เท่ากับเป็นการสมโภชการงานที่ได้กระทำว่า ได้ลุล่วงและรอดมาจนเห็นผลแล้ว ท่านว่าการที่ชาวบ้านบอกว่า การลอยกระทงเป็นการขอขมาลาโทษ และขอบคุณต่อแม่คงคา ก็คงมีเค้าในทำนองเดียวกับการที่ชาติต่างๆ แต่ดึกดำบรรพ์ได้แสดงความยินดี ที่พืชผลเก็บเกี่ยวได้ จึงได้นำผลผลิตแรกที่ได้ ไปบูชาเทพเจ้าที่ตนนับถือ เพื่อขอบคุณที่บันดาลให้การเพาะปลูกของตนได้ผลดี รวมทั้งเลี้ยงดูผีที่อดอยาก และการเซ่นสรวงบรรพบุรุษที่ล่วงลับ เสร็จแล้วก็มีการสมโภชเลี้ยงดูกันเอง