En el ámbito religioso, la cinta sirve como una metáfora sobre la creencia en Dios y la Santísima Trinidad: «El protagonista actúa como los "escépticos" de la sociedad, emprendiendo un viaje espiritual (hecho físico por el tren) para encontrarse a sí mismo y así encontrar a Dios. El títere Scrooge, dominado por el vagabundo, llama al héroe un "escéptico" en un intento de asustarlo. Este apodo puede ser una referencia al "Tomás que dudaba", el apóstol que se negó a creer en la resurrección de Jesús en el tercer día. Hasta que lo vio físicamente».​

Otras temáticas exploradas por The Polar Express son la pérdida de la inocencia infantil, la nostalgia, la tristeza, el misterio, la melancolía, la duda —por ejemplo, el fantasma del vagabundo «es una manifestación de las dudas [del niño]. En la escena en la que el héroe habla con él, constantemente este le recuerda que no cree en Santa para no parecer un tonto»—, la frustración y la alegría. Todas estas sensaciones se manifiestan primordialmente en la paleta de colores de las distintas escenas; el azul «sombrío y melancólico» es usado en la mayor parte de la primera mitad de la película, mientras que el rojo es predominante al arribar al Polo norte debido a que es comúnmente asociado con el «espíritu navideño».​ En términos generales, «la película tiene una forma de tocar el corazón de los adultos y los niños porque es nostálgica y nos trae muchos de nuestros recuerdos de la infancia».​

(Información tomada de WIKIPEDIA)