El proyecto de un Colegio de Ciencias en Lambayeque inicia en 1826 mediante el D.S. N.° 118. Posteriormente, en 1832 se dispone la creación de un plantel de segunda enseñanza en Chiclayo. A pesar de las dificultades políticas y administrativas, la población chiclayana continúa impulsando este anhelo. En 1849, una nueva resolución asigna recursos para la dotación de dos cátedras. 

El 11 de mayo de 1859, el presidente Ramón Castilla ordena la apertura del Colegio Nacional de Ciencias y Artes de Chiclayo. Su inauguración solemne se realiza el 24 de septiembre de 1859 en el antiguo Convento de San Francisco, al costado de la iglesia matriz, en la calle San José. Su primer director fue Clemente Peralta, quien presidió la ceremonia inaugural.

Entre 1867 y 1868 el local fue utilizado como cuartel durante el conflicto político-militar en Chiclayo. Más tarde, durante la Guerra con Chile, nuevamente fue ocupado por las tropas debido a su ubicación estratégica frente al parque principal. A pesar de estas circunstancias, el colegio siempre supo resistir y continuar su trayectoria educativa.

En 1934, Victoria Viuda de Dalorso donó el terreno para la construcción del nuevo local. En 1935, el presidente Óscar R. Benavides colocó la primera piedra. El nuevo local empezó a funcionar en abril de 1944, iniciando una nueva etapa en la historia de nuestra institución.