本校係於民國四十一年八月一日奉令創立，以崇禮等九里為學區，定名新竹縣新竹市西門國民學校。派郭添先生為首任校長。
創立之初，學生由民富、新竹兩國民學校內劃分本學區二、三、四年級學生及本學區一年級新生計十四班。校舍借民富國民學校教室八間，於同年九月一日開課。
經選定本西郊北大路西延平路南交會處，佔地面積三甲餘為校舍建築基地。興建工程於民國四十一年十月二十四日開工，至四十二年三月五日竣工。計有辦公室、教室等十三間。
民國四十二年三月五日竣工，即日由民富國民學校遷入新校舍上課。
四十四年七月七日送出第一屆畢業生一八四名。
五十二年六月二十三日更名為新竹縣新竹市西門國民小學。
六十三年八月一日學校組織調整，設教務、訓導、總務三處，七十三年八月一日增設輔導室。
七十一年七月一日新竹市升格為省轄市，更名為新竹市北區西門國民小學。