Les racines du Conseil remontent à l’adoption de la Loi sur l’administration des écoles et de la Loi sur les écoles secondaires et conseils scolaires en 1968. C’est à Ottawa qu’a pris naissance l’éducation publique de langue française, avec l’ouverture d’une toute première école en 1969, l’École secondaire publique André-Laurendeau, à Vanier.
C’est grâce à l’adoption de la Loi 104 de 1997 réduisant le nombre de conseils scolaires en Ontario, que les Franco-Ontariens et Franco-Ontariennes obtiennent la pleine gestion de leurs écoles.
Au moment de sa création, le Conseil compte déjà 25 écoles, toutes construites en succession rapide entre 1970 et 1996. C’est une croissance fulgurante.
À partir de 1986, d’autres écoles ont été ouvertes à l’extérieur de l’agglomération d’Ottawa, en commençant par l’école élémentaire publique Cité jeunesse à Trenton, jusqu’à la création du Conseil douze ans plus tard. Ces écoles ont aidé à définir le territoire qui allait devenir celui du Conseil. Elles furent ouvertes à Kingston, Rockland, Embrun, Hawkesbury, Alexandria et Cornwall.
Depuis 1998, le CEPEO a ajouté 19 écoles à son actif sur l’ensemble de son territoire, dont sept en région et 12 à Ottawa et les environs. Le plus récent ajout est l’école secondaire Pierre-de-Blois. Elle accueille les élèves du quartier de Barrhaven depuis 2021.
Le Conseil couvre un vaste territoire de plus de 40 000 km, qui comprend 7 régions en forte croissance. Il compte 44 écoles, s’appuie sur 30 partenariats avec des centres de la petite enfance, et bénéficie d’installations scolaires, artistiques et sportives de haut calibre, accessibles à la communauté.
Le CEPEO compte plus de 17 000 élèves et apprenants et a presque doublé ses effectifs en une dizaine d’année. Ses communautés scolaires sont riches de 96 langues parlées et prennent racines dans plus de 130 pays. Son personnel se compose de quelques 5 000 employés.