โรงเรียนพุทธชินราชพิทยา ได้รับอนุมัติจัดตั้งเมื่อ ปี พ.ศ. 2502 ตามใบอนุญาต ที่ 2/2502 ลงวันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ.2502 ประเภท มัธยมศึกษาวิสามัญศึกษาปีที่ 1 (ป.5) ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 (ป.7) หยุดเรียนวันธรรมสวนะ (วันพระ) และวันอาทิตย์ ต่อมาหยุดเรียนวันเสาร์และวันอาทิตย์
การจัดตั้งครั้งแรกอยู่ในความอุปถัมภ์และดูแลของวัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร โดยมีคณะผู้ดำเนินการจัดตั้งโรงเรียน ดังนี้ พระพิษณุบูราจารย์ เจ้าอาวาสและเจ้าคณะจังหวัด พระราชรัตนมุนี (แช่ม จันทราโภ) พระธัมมานันทะ พระปลัดพุทธิวัฒน์ ดร.มังกร ทองสุกดี อาจารย์ครองศักดิ์ ขันธเลิศ ครั้งแรกมีครู 13 คน นักเรียน 156 คน โดยมีนายอุดม ผุดเหล็ก เป็นครูใหญ่คนแรก และได้มีการพัฒนาดำเนินการสอนมาตามลำดับ
ปี พ.ศ.2533 ได้ดำเนินการขอโอนมาสังกัดกรมสามัญศึกษา ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ลงวันที่ 22 มกราคม พ.ศ. 2533 เรื่อง ตั้งโรงเรียนรัฐบาล โดยใช้ชื่อว่า โรงเรียนพุทธชินราชพิทยา ตั้งแต่ วันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ.2533 โดยมีนายประเสริฐ บุญฤทธิ์ เป็นผู้บริหารคนแรก
ปัจจุบัน ตั้งอยู่เลขที่ 39/1 ถนนธรรมบูชา ตำบลในเมือง อำเภอเมืองพิษณุโลก จังหวัดพิษณุโลก ซึ่งเป็นพื้นที่ธรณีสงฆ์ของวัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร มีเนื้อที่ 9 ไร่ 3 งาน 72 ตารางวา
1. นายประเสริฐ บุญฤทธิ์ พ.ศ. 2533 - 2539
2. นายประถม ทองคำพงษ์ พ.ศ. 2539 - 2540
3. นายวัฒนา ภาวะไพบูลย์ พ.ศ. 2540 - 2546
4. นางสาวดวงรัตน์ พูลสวัสดิ์ พ.ศ. 2546 - 2552
5. นายสัมฤทธิ์ ทองรัตน์ พ.ศ. 2553 - 2554
6. นายเดชา สมบูรณ์พงษ์กิจ พ.ศ. 2554 - 2558
7. ดร.อรุณศรี เงินเสือ 8 พฤศจิกายน 2558 - 2561
8. ดร.สรปรัชญ์ ไวกสิกรณ์ 22 ตุลาคม 2561 - 30 กันยายน 2564
9. นายเฉลียว คำดี 1 ตุลาคม 2564 - 30 กันยายน 2566
10. นายธนู เมฆี 1 ตุลาคม 2566 - ปัจจุบัน