ปัญหาเรื่องสิ่งแวดล้อม เป็นปัญหาที่มีความสำคัญควบคู่กับการพัฒนาความเจริญก้าวหน้า ซึ่งเป็นปัญหาร่วมกันของทุกประเทศ กล่าวคือ การพัฒนายิ่งรุดหน้าปัญหาคุณภาพสิ่งแวดล้อมและภาวะมลพิษยิ่งก่อตัวและทวีความรุนแรงมากยิ่งขึ้น ประเทศไทยนับเป็นประเทศหนึ่งที่กำลังประสบกับปัญหาดังกล่าว ทั้งนี้เพราะการพัฒนาเศรษฐกิจในช่วงที่ผ่านมาให้ความสำคัญกับอัตราความเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจ โดยการนำเอาทรัพยากรมาใช้ประโยชน์แต่ไม่ได้มีการวางแผนการจัดการทีเหมาะสมรองรับปัญหาที่จะเกิดขึ้น ทำให้ทรัพยากรธรรมชาติที่เหลืออยู่มีสภาพเสื่อมโทรมลง
โครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ส่วนใหญ่จะเป็นวิธีการที่จะทำนุบำรุง และปรับปรุงสภาพทรัพยากรและสิ่งแวดล้อมให้ดีขึ้นในด้านต่าง ๆ อาทิเช่น การอนุรักษ์และพัฒนาทรัพยากรธรรมชาติ ดิน น้ำ และป่าไม้ ซึ่งมีสาระโดยสรุปดังนี้
๑) ด้านการอนุรักษ์และพัฒนาทรัพยากรดิน
ในช่วยระยะเวลาเกือบ ๓๐ ปีที่ผ่านมา การเพิ่มผลผลิตและรายได้ของประเทศมาจากการขยายพื้นที่การเพาะปลูกมากกว่าการเพิ่มผลผลิตต่อหน่วยพื้นที่จนถึงขณะนี้ประมาณได้ว่าพื้นที่ที่เหมาะสมต่อการเกษตรกรรมได้ใช้ไปจนเกือบหมด และพยายามหาพื้นที่ชดเชยด้วยการอพยพโยกย้ายเข้าไปอยู่กระจัดกระจายในเขตป่าสงวนแห่งชาติ พื้นที่ป่าไม้ถูกทำลายเพิ่มจำนวนมากขึ้น เพราะการใช้ที่ดินกันอย่างขาดความระมัดระวังและไม่มีการบำรุงรักษาซึ่งทำให้เกิดความเสื่อมโทรม ปัญหาเหล่านี้หากไม่รีบแก้ไขย่อมส่งผลกระทบต่อการพัฒนาประเทศเป็นอย่างมาก
สำหรับโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำรินั้น คำนึงถึงการใช้ทรัพยากรธรรมชาติให้เกิดประโยชน์สูงสุด ปรับปรุงทรัพยากรธรรมชาติที่เสื่อมโทรมให้ได้ใช้ประโยชน์ ดังเช่น โครงการแกล้งดิน ที่ได้ดำเนินการในศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทองอันเนื่องมาจากพระราชดำริ จังหวัดนราธิวาส ได้พระราชทานแนวพระราชดำรัสไว้ดังนี้
...ให้มีการทดลองทำดินให้เปรี้ยวจัด โดยการระบายน้ำให้แห้งและศึกษาวิธีแก้ดินเปรี้ยว เพื่อนำผลไปแก้ปัญหาดินเปรี้ยว
ให้แก่ราษฎรที่มีปัญหาในเรื่องนี้ในเขตจังหวัดนราธิวาส โดยให้ทำโครงการศึกษาทดลองในกำหนด ๒ ปี
และพืชทำการทดลองควรเป็นข้าว...