En la meseta misionera se encuentra la selva tropical con veranos muy calurosos e inviernos relativamente frescos. Es una formación vegetal beneficiada por suelos muy ricos en materia orgánica, mucho sol y clima cálido y humedo (más de 3000 mm de precipitaciones al año). Posee una foresta densa y exuberante.
Entre las especies más importantes se hallan el cedro misionero, el lapacho, el timbó, el ybira-pitá, el pino Paraná o cury, el guatambú, el peteribí, el anchico, la palmera, el cedro maco, el incienso, el laurel blanco y el laurel negro, el palo rosa, la cancharana, el rabo-itá, la maría preta, la mora blanca
Hay gran cantidad de especies de aves, como águilas, loros, papagayos y tucanes, entre las más vistosas. También abundan los mamíferos, como los peludos acorazados, murciélagos, lobos de río, coatíes –muy numerosos en el Parque Nacional Iguazú-, roedores, zorros, nutrias y carpinchos.