水豚是群居動物,但有時候也會獨自生活。一般的水豚群個體數量在10至20頭之間,其中二至四隻是成年雄性,四至七隻為成年雌性,剩餘為幼崽。旱季的水豚群個體數量會增加,達到50至100隻,並聚集在水源附近。雄性的地位明顯等級化,處於領導地位的水豚比其他個體更重,但除去這隻領頭水豚之外,其他水豚之間的等級並不以體重相區分。領頭水豚會被其他水豚圍在群體中央,並可以得到最好的資源。水豚的等級觀念在幼年玩耍時就已經開始形成。水豚一般都很喧嚷,通過聲音交流來建立互相之間的聯繫。當受到威脅或雌性在哺育時,它們可以發出狗樣的吠聲。這種生物有兩個不同的氣味腺,分別位於鼻子和肛門附近。兩性都有氣味腺,但雄性鼻部腺體更大,肛腺更易張開,其兩側的毛髮也可以分開來。他們會從這些腺體分泌出透明物質,將其塗抹到附近的植物上。這些物質散發出特殊的氣味,可以持續很長時間並會被別的水豚識別出來。此外雄性也會用尿液來散佈其氣味,雌性則較少如此做。實際上,雌性整體做標記的頻率都要低於雄性,它們一般在雨季的發情期才會這麼做。此外,雄性也會對雌性進行標記。