東山高中位於臺北市文山區木柵林地保留區範圍,校園依山而建,校區的高度從海拔25公尺到160公尺,三面環山面向景美溪。建校四十多年以來,學生人數一直增加,校區不斷擴大,近幾年來的校園美化工程也陸陸續續引進賞花及觀葉植物,校園內景觀和創校初期已有很大的不同。除了校園內人工栽培的花圃、觀賞植物外,後山生態園區仍保留為數不少的自然景觀與生態環境。園區內的植物相除早期人為開墾的果地和農地外,大部分仍屬於典型的北部低海拔闊葉林植物群落。校區內由於植物資源豐富,動物的棲息地也不少,因而昆蟲、蛙、蜥蜴、蛇、鳥類等動物時常會出現在各步道及生態園區內,也讓同學體認不同於都市學校的自然情趣。