ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การกำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาประกาศ ณ วันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2553 ได้กำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา และที่ตั้งของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เพื่อบริหารและจัดการศึกษาขั้นพื้นฐานระดับมัธยมศึกษา จำนวน 42 เขต โดยเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 9 ประกอบด้วย ท้องที่จังหวัดสุพรรณบุรีและจังหวัดนครปฐม สถานที่ตั้ง ศาลากลางจังหวัดสุพรรณบุรี ชั้น 2 และ 3 ถนนสุพรรณบุรี - ชัยนาท ตำบลสนามชัย อำเภอเมือง จังหวัดสุพรรณบุรี และมีศูนย์ประสานงาน ตั้งอยู่ที่โรงเรียนพระปฐมวิทยาลัย อำเภอเมือง จังหวัดนครปฐม

      ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา พ.ศ. 2560 ประกาศ ณ วันที่ 22 พฤศจิกายน พ.ศ. 2560 และฉบับที่ 2 ประกาศ  ณ วันที่ 28 สิงหาคม พ.ศ. 2561  ข้อ 5 ให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา มีอำนาจหน้าที่ดำเนินการให้เป็นไปตามอำนาจหน้าที่ของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ และมีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้

1. จัดทำนโยบายพัฒนาการศึกษาแผนพัฒนาการศึกษาขั้นพื้นฐาน ให้สอดคล้องกับนโยบาย มาตรฐานการศึกษา แผนการศึกษา แผนพัฒนาการศึกษาขั้นพื้นฐาน และความต้องการของท้องถิ่น

2. วิเคราะห์การจัดตั้งงบประมาณเงินอุดหนุนทั่วไปของสถานศึกษาและหน่วยงานในเขตพื้นที่การศึกษาและแจ้งการจัดสรรงบประมาณที่ได้รับให้หน่วยงานข้างต้นรับทราบ รวมทั้งกำกับ ตรวจสอบ ติดตามการใช้จ่ายงบประมาณของหน่วยงานดังกล่าว

3. ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนาหลักสูตรร่วมกับสถานศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา 

4. กำกับ ดูแล ติดตาม และประเมินผลสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และในเขตพื้นที่การศึกษา

5. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และรวบรวมข้อมูลสารสนเทศด้านการศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา

6. ประสานการระดมทรัพยากรด้านต่าง ๆ รวมทั้งทรัพยากรบุคคล เพื่อส่งเสริม สนับสนุนการจัดและพัฒนาการศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา

7. จัดระบบการประกันคุณภาพการศึกษา และประเมินผลสถานศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา

8. ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน การจัดการศึกษาของสถานศึกษาเอกชน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น รวมทั้งบุคคล องค์กรชุมชน องค์กรวิชาชีพ สถานบันศาสนาสถาน ประกอบการ และสถาบันอื่นที่จัดการศึกษารูปแบบที่หลากหลายในเขตพื้นที่การศึกษา

9. ดำเนินการและประสาน ส่งเสริม สนับสนุนการวิจัยและพัฒนาการศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา

10. ประสานส่งเสริม การดำเนินการของคณะกรรมการ คณะอนุกรรมการ และคณะทำงานด้านการศึกษา

11. ประสานการปฏิบัติราชการทั่วไปกับองค์กรหรือหน่วยงานอื่น ๆ ทั้งภาครัฐ เอกชน และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

12. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

       โดยในข้อ 6 ให้แบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา และให้เพิ่ม (10) ตามฉบับที่ 2 ไว้ดังต่อไปนี้

(1) กลุ่มอำนวยการ

(2) กลุ่มนโยบายและแผน

(3) กลุ่มส่งเสริมการศึกษาทางไกล เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

(4) กลุ่มบริหารงานการเงินและสินทรัพย์

(5) กลุ่มบริหารงานบุคคล

(6) กลุ่มพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา

(7) กลุ่มนิเทศ ติดตาม และประเมินผลการจัดการศึกษา

(8)  กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา

(9)  กลุ่มกฎหมายและคดี

(10)  หน่วยตรวจสอบภายใน

        ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การกำหนดและแก้ไขเปลี่ยนแปลงเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา ประกาศ ณ วันที่ 28 มกราคม 2564 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 138 ตอนพิเศษ 38ง ลงวันที่ 17 กุมภาพันธ์ 2564 กำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาและที่ตั้งของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา จำนวน 62 เขต กำหนดให้ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาสุพรรณบุรี ประกอบด้วยท้องที่จังหวัด สุพรรณบุรี ให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาสุพรรณบุรี ตั้งอยู่ที่อำเภอเมืองสุพรรณบุรี และให้สถานศึกษา ที่จัดการศึกษาขั้นพื้นฐานที่สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเดิม ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การกำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา ประกาศ ณ วันที่ 17 สิงหาคม 2553 และประกาศ กระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การกำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2554 ประกาศ ณ วันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2554 ที่ตั้งอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาใดตามประกาศฉบับนี้ ให้ไปสังกัดสำนักงาน เขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาตามประกาศฉบับนี้ ตั้งแต่วันที่ประกาศในราชกิจจานุเบกษา 

   สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาสุพรรณบุรี ตั้งอยู่ที่ ศาลากลางจังหวัดสุพรรณบุรี ถนนสุพรรณบุรี - ชัยนาท อำเภอเมือง จังหวัดสุพรรณบุรี รหัสไปรษณีย์ 72000 โทรศัพท์ 035 – 535417 และโทรสาร 035 – 535418 มีสถานศึกษาในสังกัด จำนวน 32 โรงเรียน