พระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าสิริวัณณวรีนารีรัตน์ เป็นพระธิดาในสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณ บดินทรเทพยวรางกูร ที่ประสูติแต่ยุวธิดา ผลประเสริฐ อดีตนักแสดง  (ปัจจุบันใช้ชื่อว่าสุจาริณี วิวัชรวงศ์) เมื่อวันที่ 8 มกราคม พ.ศ. 2530 เมื่อแรกประสูติมีพระนามว่า หม่อมเจ้าบุษย์น้ำเพชร มหิดล พระองค์มีพระเชษฐาร่วมพระมารดา 4 องค์ ได้แก่ จุฑาวัชร, วัชรเรศร, จักรีวัชร และวัชรวีร์ วิวัชรวงศ์ มีพระภคินีและพระอนุชาร่วมพระชนก คือ พระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าพัชรกิติยาภา และพระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าทีปังกรรัศมีโชติ ตามลำดับ

หลังจากการหย่าร้างของพระบิดาและพระมารดา อดีตหม่อมสุจาริณีพร้อมพระโอรสได้ย้ายไปพำนักยังต่างประเทศในปี พ.ศ. 2539 ส่วนหม่อมเจ้าบุษย์น้ำเพชร อยู่ในการดูแลของสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ ได้รับพระราชทานพระนามใหม่ว่า หม่อมเจ้าจักรกฤษณ์ยาภา มหิดล ขณะมีพระชันษา 10 ปี พระองค์ประทับร่วมกับพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชและสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถราวสองปี ที่ต่อมาสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถพระราชทานพระนามว่า หม่อมเจ้าสิริวัณวรี มหิดล ภายหลังพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาพระองค์ขึ้นเป็น พระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าสิริวัณณวรีนารีรัตน์ เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2548