Instalar R
Para descargar R hay dos opciones.
Desde el repositorio CRAN - o alguno de sus mirrors- en la página oficial del proyecto R: https://www.r-project.org/
La versión de R que ofrece Microsoft (para Windows, linux, Mac; es libre) se puede obtener aqui: https://mran.microsoft.com/open/
En el caso de Ubuntu, la distribución de linux que usamos en el curso, y la versión oficial de R es conveniente configurar CRAN en la lista de repositorios para que las actualizaciones se hagan automáticamente al aparecer nuevas versiones. Las instrucciones son:
1. Agregar la clave de seguridad de CRAN a nuestro sistema:
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
2. Ahora hay que agregar la linea que sigue al final del archivo /etc/apt/sources.list:
deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
3. Ya podemos instalar R base
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base r-base-dev
Instalar Bioconductor
También vamos a trabajar con Bioconductor (http://www.bioconductor.org/), que es un conjunto de paquetes basados en R para trabajar en bioinformática. La instalación de los paquetes básicos es muy sencilla y está explicada aqui. Para la instalación de los paquetes base hay que correr estos comandos en la linea de comando de R (no la de linux).
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite()
Hay varios editores de R disponibles. en este momento RStudio es el más popular y es el que usamos en el curso (https://www.rstudio.com/)
Introducción a R
En este sitio pueden encontrar varios tutoriales para comenzar a trabar en R. Si este es tu primer contacto con R, para este curso nos interesan los módulos 1, 2, 4 y 10.