O Ministério da Saúde atua como gestor nacional do SUS. É responsável por elaborar políticas públicas, estabelecer normas, supervisionar, monitorar e avaliar as ações de saúde em todo o país. Além disso, trabalha em conjunto com o Conselho Nacional de Saúde e participa da Comissão Intergestores Tripartite, onde são discutidas e pactuadas as estratégias do Plano Nacional de Saúde. Também fazem parte de sua estrutura instituições importantes como Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa), Agência Nacional de Saúde Suplementar (ANS) e o Instituto Nacional de Câncer (INCA), entre outras entidades vinculadas.

As Secretarias Estaduais de Saúde participam da elaboração e implementação das políticas públicas de saúde em seus respectivos estados. Elas também oferecem suporte técnico e administrativo aos municípios e atuam em conjunto com o conselho estadual de saúde. Além disso, participam da Comissão Intergestores Bipartite, espaço em que são discutidas e aprovadas ações relacionadas ao plano estadual de saúde.

As Secretarias Municipais de Saúde são responsáveis pela execução direta dos serviços de saúde para a população. Entre suas funções estão planejar, organizar, coordenar e avaliar as ações de saúde no município. Essas atividades são realizadas em articulação com o conselho municipal de saúde e com o governo estadual, garantindo a implementação do plano municipal de saúde e o funcionamento dos serviços oferecidos à comunidade.