創校年月：民國76年08月
校史：
本校的創設，始自民國七十三年初，台南市政府指示民德國中負責編定本校七十四會計年度單位預算起；又於七十四年五月廿日，函委當時金城國中校長張齡材先生擔任本校文賢國中籌備處主任，進行設校，校址經選定本市北區文元里文賢一路二號，舊時明末鄭成功複台的台江地區中心任置---文元寮，占地面積合計三、三○○二公頃，校地完整利於校整體規畫。
民國七十六年八月五日省府七六府教四字第一五三一六四號函；准本校自民國七十六年八月一日正式成立。首任校長王茂德於同月廿五日奉台南市市長林文雄先生親頒印信，接掌校務，進行第一年新生入學上課籌備工作。
成立第一年本校招收十二班(後增一班)一年級新生；第二年又收二十班新生(後又增一班)；第三年再招收二十四班一年級新生入學，是時全校已達五十八班。第十三年(八十八年九月)全校已達六十八班，二、三九六西學生之數。第一屆畢業生已分別在七十九年暑假勞燕分飛邁向萬里鵬程，八十九年六月應屆(第十一屆)畢業生九○九名也將完成九年國教而畢業，累計第一至整十一屆已有畢業生計一一、八八○名，更上層樓求發展。
民國七十六年，本校成立之初，全校僅以二十五名教師辦起文賢國中，至今已有二○○名教職員為文賢學子服務，期作育國家社會之英才、棟樑。民國八十八年王校長因屆齡退休，同年八月市政府遴聘陳校長炯明接掌校務至96年七月。
民國九十六年八月一日第三任校長鄭英建在眾人期待下接任，學校正面臨少子化的社會問題衝擊，已逐年減班，鄭校長以身作則，以教育為志業，深信教育愛是辦學的根源，堅持以學生為主體，營造優質之校園文化，接納家長為學校夥伴關係，藉以整合校外資源，由內讓校園師生充滿鼓舞、期待的積極氣氛，人人以文賢為樂，再讓校外人力、物力資源願意注入文賢園地，使校務經營得到地方人士的肯定而支援，發展學校特色及種質也重量的文賢國中得以永續經營。
為求校舍、校園之規畫達到生動活潑，符合現代教育的理想，設計方面力求變化，使學校建築、校園規畫能昇華校園倫理，三者交互作用，成為實施與完成德、智、體、群、美五育的園地。 文賢國中首期校舍於民國七十五年十一月十一日動士興建(第一期)，工程包括普通教室九間、辦公室十六間、自然科實驗室六間，合計三十一間。第二期校舍工程又興建普通教室二十三間，地科教室三間、運動場鋪設優麗龍跑道，更配合改進及發展國教首期六年計畫第六年增建家政、工藝、音樂、美術等九間專科教室。七十八年再蓋第三棟普通教室二十八間等校舍新建工程。又為因應本校學區到處大興土木、新社區林立所需，七十九年度單位預算，繼續興建普通教室九間及圖書館等工程。八十年又再度興建教室、辦公室十六間等，八十三年發包興建總工程款逾億的學生活動中心亦已於民國八十五年十一月落成，學校硬體建設即將全部完成。
本校自七十六學年度正式成立以來；教師熱心教導，學生們也都能勤奮讀書、進德修業，創校伊始，即樹立優良校風導向目標。重點作法是：落實學生生活教育，從日常生活的根本教育起，培養自動自發的讀書風氣，改變並提升學生氣質，造就活活潑潑、堂堂正正二十一世紀的國民。又從校舍校園的設計、配置與興建，上課的加強教學工作，改進教法；也運用童軍教育的小隊、徽章、晉級等制度、製訂校服、運動場舖設人工跑道，來激發學生的榮譽心與責任感，薰陶出更恢宏的高雅氣質的文賢學子。 文賢的成長當然端賴全校師生極度發揮「同體感」，奉獻全部心力；也因深獲諸多長官的全力支持，多次蒞校指導，與全體議員的辛勞、貢獻與大力的支持，多次到校勘察工程施工，主動代為爭取建設經費，以及關心學校的發展，深表謝忱。尤其本市籍省議員在省府為本校的催生與創校以來的幫忙，更是功不可沒。幾年來全體家長、地方各界、學區人士，尤其家長會歷任會長、常委、委員、代表等等。關心學校，時常提供寶貴意見與興革事項；並貢獻財物，均為銘感。