У 1878 році вона одружилась із баррістером Річардом Панкгерстом, відомим підтримкою кампанії за виборчі права жінок. У шлюбі народила п'ятьох дітей. Чоловік активно сприяв світській діяльності Еммелін, і у 1889 році подружжя заснувало Лігу за виборчі права жінок. Коли організація розпалася, Еммелін спробувала влитися в ряди лівої Незалежної Лейбористської партії за допомогою своїх дружніх зв'язків із соціалістом К. Гарді, однак один із місцевих осередків партії відмовив їй у членстві через її стать. Вона також працювала в опікунській раді у справах бідних, де була шокована жахливими умовами Манчестерського робітничого будинку.
В 1903 році, по смерті чоловіка, Панкгерст заснувала Жіночий соціально-політичний союз (ЖСПС) (англ. Women's Social and Political Union), активістську організацію, що вела боротьбу за надання жінкам виборчих прав, девізом якої було «не словом, а ділом».
Союз представляв себе як незалежну, навіть опозиційну силу по відношенню до більшості британських політичних партій. Об'єднання швидко здобуло сумнозвісну репутацію, після того, як його учасниці почали використовувати в політичних акціях більш радикальні методи, такі як побиття вікон та напади на представників поліції, і стали відомими як суфражетки.
Панкгерст та її доньок неодноразово засуджували до позбавлення волі. У в'язницях вони оголошували голодування, вимагаючи покращення умов утримання засуджених. Антагонізм між урядом та ЖСПС лише загострився з приходом до керма організації старшої доньки Панкгерст Крістабель. Вчинення підпалів та вибухів з часом стало звичною тактикою феміністського об'єднання, що призвело до загального осуду сім'ї Панкгерстів збоку більш поміркованих організацій. В 1913 році декілька відомих представниць ЖСПС вийшло з організації, в тому числі і дві молодші доньки Панкгерст — Адела та Сільвія. Розлад у сімейних стосунках так і ніколи вже не був залагоджений.
З початком Першої світової війни Еммелін та Крістабель виступили із вимогою про припинення руху суфражеток задля підтримки британського уряду в боротьбі з «німецькою загрозою». Вони закликали жінок сприяти промисловому виробництву та усіляко заохочували юнаків іти на фронт. В 1918-му актом Парламенту було надано право голосу всім жінкам після 30-ти років. Панкгерст реорганізувала ЖСПС у Жіночу партію (англ. Women's Party), яка виступала за рівність громадянських прав жінок. В останні роки свого життя вона була стурбована небезпекою, яку, як вона вважала, ніс більшовизм, і врешті приєдналась до лав Консервативної партії, будучи безуспішною у незалежній політичний діяльності. Померла Еммелін Панкгерст в 1928-му, а два роки потому її пам'ять була увічнена зведенням статуї в парку біля Башти Вікторії у Лондоні.
