Berdasarkan sejarah dan cita-cita yang dicanangkan sejak awal berdirinya, MIN 1 Berau memiliki Visi, Misi, Tujuan dan Program yang menjadi acuan kerja sebagai berikut:
Terwujudnya Generasi yang Berakhlaqul Karimah, Unggul dalam Prestasi, dan Berwawasan Lingkungan Indikator:
Bertutur kata, berprilaku dan bersikap berdasarkan syariat Islam dalam kehidupan sehari-hari
Memiliki daya sing tinggi untuk memasuki SMP/MTs dan Pondok Pesantren Favorit di Kabupaten Berau Provinsi Kalimantan Timur
Mampu meraih kejuaraan dalam berbagai even lomba baik bidang akademis maupun non akademis
Memiliki kemandirian dalam kehidupan masyarakat
Memiliki kepedulian terhadap pelestarian lingkungan dan pencegahan kerusakan lingkungan.
Melaksanakan pembiasaan kepada peserta didik untuk Berakhlaqul Karimah dan pembiasaan mencegah terjadinya pencemaran dan kerusakan lingkungan.
Menciptakan lingkungan Madrasah yang sehat sekaligus sebagai miniatur masyarakat Islami.
Melaksanakan pembelajaran yang aktif, kreatif,efektif dan menyenangkan yang berbasis ICT dan pelestarian fungsi lingkungan.
Memberikan wadah kepada peserta didik guna mengenali potensi diri sejak dini dan mengembangkannya secara optimal.
Menciptakan lingkungan Madrasah yang bersih, rapi dan asri.
Dengan berpedoman pada visi dan misi yang telah dirumuskan serta kondisi di madrasah, maka tujuan madrasah yang ingin dicapai adalah sebagai berikut:
Menerapkan 5 (lima) S yaitu, Senyum, Sapa, Salam, Santun dan Santai ke seluruh warga Madrasah.
Peserta didik memiliki kesadaran yang tinggi dalam melaksanakan kewajiban ibadah wajib dan bertindak sesuai ajaran Islam dalam kehidupan sehari-hari.
Melaksanakan ibadah sholat Dhuha dan Dzuhur berjamaah di Madrasah.
Lulusan dapat diterima di SMP/MTs dan Pondok Pesantren favorit di wilayah Kabupaten Berau dan sekitarnya.
Berprestasi dalam even berbagai lomba akademis maupun nonakademis di tingkat Kabupaten hingga Nasional.
Madrasah mampu memberikan layanan penunjang pendidikan; Perpustakaan, Laboratorium, Koperasi, UKS, Kantin, dan Musholla secara maksimal.
Peserta didik memiliki kepedulian, simpati dan empati dalam pelestarian lingkungan dan pencegahan terhadap kerusakan lingkungan.
Program Tahfidz dan Tilawah
Program pengembangan bakat peserta didik melalui kegiatan ekstrakurikuler : Olahraga dan Seni
Program pengembangan minat peserta didik melalui kegiatan ekstrakurikuler : Kompetisi Sains (Matematika dan IPA)
Program pengembangan spritual skill, basic skill, dan soft skill melalui kegiatan ekstrakurikuler : Pramuka, Daโi Kecil, Dokter Kecil/PMR, Kader Peduli Lingkungan Hidup.
Program Pengembangan Literasi Madrasah dan Bilingual (Bahasa Arab dan Bahasa Inggris)