En Madre de Dios tenemos problemas sociales: trata de personas, el cual fue motivado por la minería en Sector la Pampa, Minería aluvial en diferentes localidades como Laberinto, Huepetue y otros en los que no se esta haciendo aun nada por frenar dichas actividades.
El uso del mercurio como medio de extracción de oro ha dejado las áreas circundantes manchadas de mercurio. Debido a las actividades mineras, 1,1 toneladas métricas de mercurio se liberan en el aire cada mes en Madre de Díos. Debido a esto, los animales y los humanos son propensos a la intoxicación por mercurio. Debido a la contaminación de mercurio en los alimentos y el agua, se informa que el 78% de la población de Puerto Maldonado tiene cantidades peligrosamente altas de mercurio en su sangre. La minería ilegal también está asociada con la transmisión de la malaria y las enfermedades respiratorias.
La razón por la que la tasa de minería ilegal es tan alta en Perú es la abundancia de oro en el suelo. A pesar de los riesgos ambientales y de salud que conlleva la minería de oro, es una profesión atractiva porque la minería es más rentable que los trabajos ordinarios de la región. Especialmente para las familias de bajos ingresos, la participación en actividades mineras puede parecer la única manera de mantener a la familia. Por eso es importante crear empleos en otros sectores y crear conciencia de que la destrucción de la Amazonia no está exenta de consecuencias.
En el Perú, cada año se talan hasta 360.000 acres (1450 km²) de selva tropical debido a las actividades mineras legales e ilegales. La selva tropical amazónica cumple una importante función en el ecosistema del planeta, ya que absorbe cantidades masivas de dióxido de carbono. Al hacerlo, juega un papel masivo en la regulación de la temperatura del planeta. La selva tropical también contribuye a la biodiversidad del planeta ya que es el hogar de más de 2000 especies de animales1. La continua deforestación conduce a la pérdida de diversidad y a la extinción de animales y plantas. Además, amenaza a las comunidades indígenas que aún viven en la Amazonia. Sin embargo, el impacto negativo que la deforestación trae consigo no se limita únicamente a la selva tropical propiamente dicha. Se sabe que un ecosistema tan biodiverso como el Amazonas alberga patógenos de posibles enfermedades infecciosas. La perturbación del ecosistema facilita la propagación de nuevas infecciones humanas.