La Universidad Federada Colegio Santo Tomás, nace en noviembre del año 1978, y se consolida en una segunda fase, después del nacimiento de la primera Universidad Privada. Se afilia a la Universidad Federada de Costa Rica, en el año 1995 durante la consolidación de las universidades privadas en el país.Su objetivo fue la posibilidad de brindar acceso a estudios superiores de muchas personas que no podían acceder a las Universidades Públicas. Su fundamento Constitucional se encuentra en el artículo 79 de la Constitución Política, según el cual: Se garantiza la libertad de enseñanza. No obstante, todo centro docente privado estará bajo la inspección del Estado.De manera, que desde su creación se ha garantizado la libertad de enseñanza, pluralismo ideológico, libertad de actuar, libertad de pensamiento y la solidaridad, todo ello, acorde a lo dispuesto en nuestro Ordenamiento Jurídico.Así mismo, de conformidad con lo dispuesto en la la Ley de creación del Consejo Nacional de Educación Superior (CONESUP), el artículo 9 establece que “…las universidades privadas, como instituciones enseñanza superior gozarán de plena libertad para la docencia, la investigación científica y la difusión de la cultura. Deberán contribuir al estudio y que la población de los problemas nacionales, por medio del trabajo comunal universitario”.Por otro lado, artículo 12 de la misma Ley de Creación, establece que “los estudios en las universidades privadas, se regirán por sus respectivas, normas y planes y programas”.