Kawasan Taman Wisata Perairan Gili Matra memiliki ekosistem padang lamun di masing-masing gili. Dari 3 gili yang ada di TWP Gili Matra, kondisi padang lamunnya cukup beragam. Rataan terumbu pada lokasi pengamatan di TWP Gili Matra cukup luas dan memiliki topografi landai/manedatar. Pada tahun 2021 tercatat 6 spesies yang ditemukan saat monitoring yang tersebar di 7 lokasi pengamatan.

Kawasan hutan mangrove di TWP Gili Matra hanya terdapat di Gili Meno dan Gili Trawangan. Lahan yang awalnya kawasan mangrove, setiap tahunnya berpotensi beralih fungsi menjadi bangunan pariwisata, terutama di Gili Trawangan.

TWP Gili Matra, ditemukan 6 kelompok dari 7 kelompok megabenthos indikator yang diamati. Megabenthos tersebut yaitu Drupella, Bulu Babi, Kima, Lobster, Lola dan Bintang Laut Berduri.