По архивным документам установить дату образования деревни Агафониха не удалось. 1926 год – по Всесоюзной переписи населения деревня Агафониха Карпысакского района Новосибирского округа, располагалась на берегу реки Агафониха, год основания – не указан. Насчитывалось 163 хозяйства, население составляло 753 человека, из них мужчин - 365, женщин – 388, преобладающая национальность – русские. В деревне располагался сельсовет, школа 1-й ступени.Деревня Агафониха относилась к приходу Вознесенской церкви села Боровлянка.1946-1951 годы – из похозяйственных книг деревни Агафониха: на территории деревни существуют колхозы «Верный Охотник» и «Рассвет».1953 год – решением Новосибирского облисполкома от 10 июля 1953 года № 641 Агафонихинский и Владимировский сельсоветы объединены в один Владимировский сельсовет с центром в с. Владимировка Легостаевского района. Деревня Агафониха в составе Владимировского сельсовета Тогучинского района Новосибирской области.