Sinopse:
Na cronologia da série de anime, o filme se passa entre as sagas “Cidade das Batalhas” e “Lacre de Orichalcos”. Quando o garoto Yugi Muto conseguiu montar o quebra-cabeça do Enigma do Milênio, ele libertou um antigo Faraó, mas uma coisa que ele nunca soube é que, juntamente com o faraó, ele libertou Anúbis, o Deus Egípcio da Morte. Três anos depois, Seto Kaiba está procurando um meio de derrotar as cartas de Deuses Egípcios de Yugi. Então ele vai a ilha de Maximillion Pegasus, o criador do jogo de cartas Monstros de Duelo. Uma estranha criatura coloca uma carta a mais no baralho de Pegasus. Kaiba derrota Pegasus em um duelo. Como Pegasus apostou uma carta que derrotaria os Deuses Egípcios, Kaiba a pega, mas acaba pegando, também, a carta que a suposta criatura colocou. Depois, Kaiba desafia Yugi para um duelo e acaba derrotando seus Deuses Egípcios, mas aprisiona os dois numa pirâmide azul gigante, a Pirâmide de Luz. Minutos antes disso, um museu que continha uma múmia e uma nova relíquia do milênio descoberta, foi roubado. Contudo o avô de Yugi, Solomon Muto, lembra de uma profecia, que Anúbis tentou acabar com o mundo 5.000 anos atrás, e algum dia voltaria e tentaria novamente. Anúbis ressurge nas areias do Egito e deseja se vingar daquele que o havia derrotado anteriormente: o Faraó, alter-ego de Yugi.