Systems Biology & Bioinformatics

Takaho Tsuchiya's web

土屋 貴穂

News


2020年 10月

Medical Science Digest 2020年 11月号 に日本語総説を寄稿いたしました。

「遺伝子治療のためのゲノム編集技術集団ゲノムデータ」


2020年 9月

Precision Medicine 2020年 9月号 に日本語総説を寄稿いたしました。

「集団ゲノムデータから展望する遺伝子治療とプレシジョンメディシンの動向」


2020年 9月

2020年 日本バイオインフォマティクス学会年会 第9回 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)にて、ポスター 賞 を頂戴いたしました。

お越しくださった方々、運営の方々、関係者各位、ありがとうございました。

【P-27】○ Takaho Tsuchiya and Haruka Ozaki.,

"CellCellTopic:cell-cell interaction analysis by Dirichlet multinomial regression topic modeling"

【P-31】○ Saeko Tahara†, Takaho Tsuchiya† and Haruka Ozaki.,

「ChIP-seqデータベースの大規模解析で解明する細胞型ごとに多彩な転写因子認識配列」


2020年 6月

Precision Medicine 2020年 6月号 に日本語総説を寄稿いたしました。

「集団ゲノムデータに基づくことによる遺伝子治療の展望」


2020年 5月

東京大 アイソトープ総合センター 秋光研究室との 共同研究論文 "Stability of RNA sequences derived from the coronavirus genome in human cells" が BBRC から publish されました。

ウイルスゲノム由来配列の宿主細胞内における安定性をハイスループットに評価する実験手法 Fate-seq を提案し、バイオインフォマティクス解析と組み合わせることで RNA 安定化配列の配列保存性と二次構造を明らかにしました。

データ解析面で貢献いたしました。


2020年 4月

科研費「若手研究」に採択していただきました。2020 - 2022 年度の研究費を助成していただきます。


科研費「新学術領域研究(研究領域提案型)」 「代謝統合オミクス」A01班 の研究分担者に加えていただきました。2020 年度から研究費を助成していただきます。


2019年 9月

科研費「研究活動スタート支援」に採択していただきました。2019 - 2020 年度の研究費を助成していただきます。


2019年 8月

2019 年度の研究費支援プログラムである筑波大学研究基盤支援プログラム(Aタイプ)に採択していただきました。

「集団ゲノムデータに基づき変異を避けることによる遺伝子治療用 gRNA 設計手法の確立」


2019年 5月

筑波大学 医学医療系 生命医科学域 バイオインフォマティクス研究室(尾崎遼研究室)の助教(テニュアトラック制)に着任いたしました。

筑波大学 人工知能科学センター の構成員になりました。


2017年 12月

主著論文 "System identification of signaling dependent gene expression with different time-scale data" が PLoS Computational Biology から publish されました。

生物学特有の計測点が少ないスパースな時系列データから数理モデル化(システム同定)する手法を開発しました。

画像修復や超解像に広く用いられている工学の信号修復手法(データの Hankel-like 行列表現 および 核ノルム最小化手法)を応用した機械学習モデルにより、スパースな時系列データをハンドリングできるようにしました。

培養細胞が神経分化する過程において、限られた計測点の中、細胞内シグナル伝達から遺伝子発現にかけてデータ計測を行って取得した、分子群のスパースな変動時系列データに対して本手法を応用しました。

上流の数分の変動から始まり下流での数時間の変動へと、異なる時間スケールにまたがって、順々に時間変動していく分子群の制御関係を明らかにしました。


2017年 12月 某日

HP を移転してこちらで公開開始いたしました。