環保署自2002年河川污染整治年起，鑑於公共污水下水道系統的緩慢進度，以及民眾對河川水質的高度要求及期望下，環保署輔助臺南市政府開始在各污染水源附近、受污染的河川支流匯流處，建置人工濕地、礫間接觸、曝氣設施等河川水質淨化工程，透過污水與自然環境中的氧氣、土壤、微生物、植物交互作用，使水質淨化，削減排入河川的污染量。臺南市政府環境保護局推動具有水質淨化功能，附有景觀營造及生態教育功能的現地處理設施。

臺灣河川因長期承受生活污水、畜牧廢水及工業廢水污染，目前呈現嚴重污染情形，要使河川水質獲得明顯改善，除了對事業點源污染需要有效控制之外，在工程面上，必須加速污水處理廠興建及污水幹管舖設；在軟體面上，則必須提昇民眾對河川環境的關切，尤其是對於需用經費龐大、耗時較久的公共污水下道工程而言民眾關心河川的意志將可確保工程預算的優先編列、排解土地取得的困難及忍受施工時的不便。這些不可缺的整治策略將需要改變流域內民眾的生活習慣；也或將對部分民眾權益產生衝擊，可說是流域內的一項革命性工程。為此，各級單位一直努力推動各項河川污染整治措施以及處理技術，包括：污水處理廠(需配合下水道系統)、強化型自然淨化系統(如：礫間曝氣)、以及自然淨化系統(如：人工溼地)等。由於國內各河川環境與受到污染的程度差異大，因此應用污染整治技術選擇可行性方法中，探討最佳的應用組合，如此才能以最經濟、最有效、最生態的方式，在污染淨化的過程中同時兼顧生態保育、環境復育及民眾參與等效益。