1. Epicarp (อิพิ = ชั้นนอกสุด, คาร์ป = ผลไม้)

โดยสีของผิวจะแตกต่างกันตามชนิดของกาแฟ หรือระดับความสุกของกาแฟ ซึ่งเริ่มจากสีเขียวไปจนถึงสีแดงเมื่อผลกาแฟสุก นับได้ว่าเป็นเนื้อเยื่อชั้นแรกที่คอยปกป้องเมล็ดกาแฟ

2. Mesocarp (เมโซ = กลาง, คาร์ป = ผลไม้)

หรือที่เรารู้จักกันว่าเมือก เป็นชั้นเนื้อเยื่อห่อหุ้มกะลาไว้ มีลักษณะเป็นเมือกลื่นและหวาน ซึ่งประกอบด้วยสารอินทรีย์หลายชนิด เช่น น้ำตาล และกรดอะมิโน ซึ่งจะเป็นวัตถุดิบสำคัญสำหรับการโปรเซสกาแฟ โดยที่สารอินทรีย์เหล่านี้จะเป็นอาหารให้จุลินทรีย์ เช่น แบคทีเรีย ยีสต์ หรืออื่น ๆ ในระหว่างกระบวนการหมักซึ่งจะทำให้เกิดสารอินทรีย์อื่น ๆ ที่ส่งผลต่อรสชาติของกาแฟ

3. Endocarp/Parchment coat (เอนโด = ข้างใน, คาร์ป = ผลไม้)

หรือเรียกกันว่ากะลา โดยจะเป็นชั้นในสุดของผลกาแฟ ทำหน้าที่ปกป้องเมล็ดกาแฟที่อยู่ด้านในทั้งก่อนและหลังจากการโปรเซส ภายหลังจากการโปรเซสเสร็จสิ้น กะลาจะมีลักษณะคล้ายกับกระดาษแห้ง เปราะบาง

4. Silver skin (Epidermis)

เป็นเนื้อเยื่อบาง ๆ ห่อหุ้มเมล็ดกาแฟ และเป็นจุดเริ่มต้นของเมล็ดกาแฟ

5. Bean / Green bean / กาแฟสาร

เป็นส่วนที่ใช้สะสมอาหารสำหรับเอ็มบริโอซึ่งเป็นส่วนที่สะสมอาหารต่าง ๆ ที่จะถูกนำไปใช้โดยเอ็มบริโอสำหรับการเจริญเติบโตเป็นต้นกาแฟต้นใหม่ และก็ยังเป็นส่วนสำคัญต่อรสชาติของกาแฟ เพราะสารอินทรีย์ที่ถูกสะสมไว้สำหรับเอ็มบริโอจะถูกเปลี่ยนแปลงไปเป็นรสชาติของกาแฟระหว่างกระบวนการคั่ว

6. Center cut / ร่องของเมล็ดกาแฟ

เป็นบริเวณที่ไม่ได้ส่งผลต่อรสชาติ แต่เกิดจากกระบวนการเติบโตของเมล็ดกาแฟ

7. Embryo เอ็มบริโอ หรือตัวอ่อน

ไม่ได้มีลักษณะเป็นชั้นเหมือนชั้นอื่น ๆ แต่จะเป็นส่วนเล็ก ๆ อยู่ค่อนไปทางปลายของเมล็ดกาแฟ แต่เป็นส่วนที่สำคัญที่สุด สามารถส่งผลต่อการคงอยู่ของเมล็ดกาแฟ โดยเอ็มบริโอมีหน้าที่จะต้องเติบโตไปเป็นต้นกาแฟต้นใหม่ ถ้าเอ็มบริโอตายก็จะทำให้เมล็ดกาแฟนั้นเริ่มเสื่อมสภาพไปด้วย ซึ่งเป็นเหตุผลว่าทำไมถึงต้องมีเนื้อเยื่อหลาย ๆ ชั้นคอยปกป้องชิ้นส่วนสำคัญชิ้นนี้อยู่