R

Le logiciel R

Bien que la maîtrise du logiciel R ne soit pas au programme de lycée, c'est un logiciel extrêmement puissant (et gratuit) fonctionnant par lignes de commande qui peut être utile à tous ceux qui s'engagent dans des études scientifiques. On peut avec R :

- construire tous les types possibles de graphiques,
- réaliser de très nombreuses analyses statistiques,
- traiter des données de manière automatisée,
- construire des modèles numériques et réaliser des simulations

L'interface de R

Lorsqu'on ouvre R, on obtient cette interface.

La petite fenêtre est ce qu'on appelle la console de R. Dans cette fenêtre on peut écrire des lignes de commande qui seront exécutées lorsqu'on presse Entrée.

L'environnement de travail

Le principe de R est le suivant. L'utilisateur peut créer et modifier des objets comme des vecteurs, des matrices, des tableaux (=dataframes), des listes en exécutant des lignes de commandes.

Ces objets sont stockés en arrière-fond dans ce qu'on appelle l'environnement de travail.

La commande ls() permet d'afficher la liste des objets contenus dans l'environnement de travail. Ici la commande retourne un vecteur vide car l'environnement de travail ne contient pour l'instant aucun objet.

Créer un vecteur

Pour créer un vecteur, on utilise la commande suivante :

y = c( 1, 10, 3, 5)

Ici l'objet créé s'appelle y. Il contient une suite ordonnée de 4 nombres : 1, 10, 3 et 5.

On peut faire afficher l'objet y simplement en tapant son nom dans la console.

Remarque : Si maintenant vous regardez à nouveau le contenu de l'environnement de travail avec la commande ls(), vous verrez qu'il n'est plus vide. Il contient l'objet y.

Créer un graphique

Je peux créer un deuxième vecteur x qui contient la suite de nombre 0, 1, 2, 3 et représenter y en fonction de x avec la commande plot(x,y). Une nouvelle fenêtre s'affiche qui contient un graphique encore très rudimentaire montrant y en fonction de x.

Créer un graphique (suite)

Pour améliorer le graphique, il faut modifier la ligne de commande en rajoutant des options.

Rajouter un titre : main="graphique montrant y en fonction de x"
Rajouter une ligne entre les points : type = "b"
Augmenter l'épaisseur du trait : lwd=3
Changer la couleur du trait en rouge: col="red"
Rajouter un titre à l'axe x : xlab="x (unité de x)"
Rajouter un titre à l'axe y : ylab="y (unité de y)"

La commande devient alors :

plot(x,y,main="graphique montrant y en fonction de x", type ="b", lwd=3, col="red", xlab="x (unité de x)", ylab="y (unité de y)")

Obtenir de l'aide sous R

Une des grandes qualité du logiciel R tient dans le fait que pour toutes les fonctions de R, comme la fonction plot() que nous venons d'utiliser, il existe une fiche d'aide complète qui explique comment l'utiliser, qui précise toutes ses options possibles et vous montre des exemples.

Pour faire afficher la page d'aide d'une fonction, rien de plus simple on tape la commande ?nom_de_la_fonction

Par exemple : ?plot

Tutoriel pour les débutants

Si vous souhaitez apprendre à utiliser R, voici un tutoriel pour les débutants.

De nombreux autres tutoriels sont disponibles sur Internet.

Un aide mémoire précieux : la R reference card

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