Водні екосистеми відрізняються від екосистем суші насамперед своїми фізичними та хімічними властивостями. При розгляді водних екосистем їх розділяють на прісноводні та екосистеми Світового океану.
Прісноводні екосистеми широко представлені на всіх континентах. Ріки та озера Землі вміщують основну частину прісної води, хоча в деяких внутрішніх водоймах вода солона (це характерно для спекотного та сухого клімату).
У прісноводних озерах завжди виділяють три частини, які можна розглядати як окремі екосистеми:
прибережна частина — літораль;
глибоководна частина — профундаль;
основна товща води — пелагіаль.
Літораль характеризується наявністю великої кількості прикріплених рослин — макрофітів. Фауна представлена комахами та їх личинками.
Найбільш заселена живими організмами літораль. Прибережні зони будь-яких водойм є їхніми головними трофічними областями. Окрім напівзанурених рослин, у водоймах живуть придонні організми, які становлять бентос, і планктон