Sesuai Peraturan Menteri Agama Nomor 13 Tahun 2012 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama, Seksi PAIS ( Pendidikan Agama Islam) mempunyai tugas : 

Pasal 430 ayat (3) Seksi Pendidikan Agama Islam sebagaimana dimaksud dalam Pasal 429 mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi di bidang pendidikan agama Islam pada PAUD, SD/SDLB, SMP/SMPLB, SMA/SMALB/SMK. 

Pasal 430 ayat (4) Seksi Pendidikan Agama dan Keagamaan Islam sebagaimana dimaksud dalam Pasal 429 mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi di bidang pendidikan agama Islam dan pendidikan keagamaan Islam