בעולם של מפלצות דו-קרב, דור חדש של שחקנים דו-קרב ממתין לתורם להציע את התואר הגבוה ביותר: מלך המשחקים. כשחקן דו-קרב שואף,יוגי המאושר נרשם לאקדמיית דול, מוסד בעל מוניטין שמוטל עליו לטפח את המתמודדים הפוטנציאליים הללו

עם זאת, ביומו הראשון, היחס הנינוח והלא זהיר של יוגי גורם לו להגיע באיחור למבחן הקבלה שלו. שם הוא נתקל בדמות מוכרת שמפקידה לו את "קוריבו המכונף", קלף שהופך לבן זוגו החדש של יהודה. בקרוב, הוא מתחיל לחיות כדו-קרב - אבל האם הגורל והחושך יכפפו את המציאות שלו למשהו מעבר לדמיונו

יו גי הו ג'י איקס עוקב אחר סיפורו של יוגי כשהוא שואף להגשים את מטרתו להפוך למלך המשחקים הבא. כשהם נדחפים לאינספור נסיבות

חסרות תקדים, דבר אחד בטוח עבור יוגי וחבריו - לעולם לא יהיה רגע משעמם באקדמיה לדו-קרב.