พันธุ์ไม้-พรรณไม้ คำ พันธุ์ไม้ กับ พรรณไม้ และ พันธุ์พืช กับ พรรณพืช ยังมีผู้ใช้สับสนกันอยู่บ้างว่า เมื่อใดใช้พรรณ เมื่อใดใช้พันธุ์ พจนานุกรม ฉบับราชบัณฑิตยสถาน พ.ศ. ๒๕๔๒ ได้ให้นิยามของคำ พันธุ– พันธุ์ ไว้ดังนี้ น. พวกพ้อง เชื้อสาย วงศ์วาน; เทือกเถา เหล่ากอ; เชื้อ เช่น ข้าวเก็บไว้ทำพันธุ์ พันธุ์ข้าว. (ป. ส.) ส่วนคำ พรรณ นิยามไว้ดังนี้ [พัน] น. สีของผิว; ชนิด เช่น พรรณพืช พรรณไม้ พรรณสัตว์. (ส. วรฺณ; ป. วณฺณ) คณะกรรมการจัดทำอนุกรมวิธานพืช แห่งราชบัณฑิตยสถาน เลือกใช้คำพรรณไม้ หรือพรรณพืช ในกรณีที่หมายถึง ต้นไม้ชนิดนั้น ๆ หรือพืชชนิดนั้น ๆ เช่นตัวอย่างในประโยคต่อไปนี้ กระเช้าสีดาเป็นชื่อที่คนทั่ว ๆ ไปใช้เรียกพรรณไม้ในสกุล Aristolochia กระเช้าผีมดเป็นพรรณไม้พื้นเมืองของไทยสามารถพบได้ทั่วไปในธรรมชาติ เขี้ยวกระแตเป็นพรรณไม้ต่างประเทศ คำ พรรณไม้ ไม้ พรรณพืช พืช มีความหมายเหมือนกัน คือ เป็นคํารวมเรียกพืชทั่วไป และสามารถใช้แทนกันได้ดังเช่นประโยคต่อไปนี้ ขาวสามหมื่นเป็นพรรณไม้ถิ่นเดียวของไทย ขาวสามหมื่นเป็นไม้ถิ่นเดียวของไทย ขาวสามหมื่นเป็นพรรณพืชถิ่นเดียวของไทย ขาวสามหมื่นเป็นพืชถิ่นเดียวของไทย ส่วนคำ พันธุ์ นั้น ใช้เมื่อความในประโยคต้องการสื่อถึงเชื้อสาย วงศ์วาน และนิเวศวิทยาของพืชชนิดนั้น ๆ ดังเช่นตัวอย่างในประโยคต่อไปนี้ เข็มแดงมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคใต้ พันธุ์ข้าว๑๒๓ใช้เป็นพันธุ์ปลูกในประเทศ ชาวไร่เก็บเมล็ดพันธุ์พืชไว้สำหรับปลูกในครั้งต่อไป

การจัดหมวดหมู่ในฐานข้อมูลพันธุ์ไม้ได้จำแนกเป็นสองลักษณะคือ การจำแนกตามหลักอนุกรมวิธาน โดยจัดกลุ่มตามวงศ์ (Family) ในแต่ละวงศ์จะแบ่งย่อยเป็น สกุล (Genus) ในแต่ละสกุลจะแบ่งย่อยเป็น ชนิด (species) ตามลำดับ การจำแนกตามลักษณะการใช้ประโยชน์ โดยจัดแบ่งเป็น 6 กลุ่ม ได้แก่ ไม้คลุมดิน, ไม้ล้มลุก, ไม้พุ่ม, ไม้ยืนต้น, ไม้เลื้อย และไม้ประดับอื่นๆ ตามลักษณะการใช้ประโยชน์ของพันธุ์ไม้ชนิดนั้นๆ การค้นหาพันธุ์ไม้ สามารถใช้การค้นหาได้จาก ชื่อสกุล ชื่อชนิด ประเภทของพันธุ์ไม้ สีของดอก วิธีการขยายพันธุ์ การปลูกเลี้ยง และการใช้ประโยชน์