สถาบันวิจัยพลังงานบริสุทธิ์เพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืน จัดตั้งขึ้นเป็นหน่วยงายภายในของสำนักงานอธิการบดี ไม่ขึ้นตรงต่อผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบดี มีฐานะเทียบเท่ากอง
ซึ่งอาศัยอำนาจตามมาตรา 8 วรรคสาม และวรรคแปด มาตรา 9 วรรคสาม มาตรา 24 และมาตรา 27(1) และ (2) แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล พ.ศ. 2548 และข้อ 28(4) ของข้อบังคับมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ว่าด้วยหลักเกณฑ์การจัดตั้ง การรวม การยุบเลิก และการแบ่งหน่วยงานในมหาวิทยาลัยฯ พ.ศ. 2563 และข้อ 5 ของระเบียบมหาวิมทยาลัยฯ ว่าด้วยการบริหารงานศูนย์หรือหน่วยงานภายในที่เรียกชื่ออย่างอื่น ซึ่งจัดตั้งขึ้นตามภารกิจเฉพาะหรือตามยุทธศาสตร์ของสำนักงานอธิการบดี พ.ศ. 2563 ประกอบกับมติคณะกรรมการปฏิบัติหน้าที่แทนสภามหาวิทยาลัยฯ ในการประชุมครั้งที่ 11/2564 เมื่อวันที่ 10 กันยายน 2564 จึงจัดตั้งสถาบันวิจัยพลังงานบริสุทธิ์เพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืน เป็นหน่วยงานภายในของสำนักงานอธิการบตี ไม่ขึ้นตรงต่อผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบตีมีฐานะเทียบเท่ากอง