About

Rinkai Hackathon 2019 with DDBJing

Currently we only accept one event "RinkaiHackathon 2019" registration as a public offering. (deadline for submission 2019. May. 20) / 現在一つのイベント "RinkaiHackathon2019 with DDBJing"の参加登録のみ、一般公募として受け付けています。(2019. Apr. 22 現在, 応募締め切り2019. May. 20). RinkaiHackathon2019 with DDBJingの参加登録は、実施施設の受け入れ定員数に達したため、2019年5月14日をもって受付を終了しました。

Rinkai Hackathon 2019 with DDBJing

Aim for the event / 目的

Rinkai(臨海)での研究の新しい可能性をhack(ハック)するための第3回のイベントとして、「機械学習を生物学的ビッグデータ(動物の模様、行動のビデオデータ、ゲノムなど)に適用したとき、何が見えるのか?」を体験します。最近、しばしば話題になる機械学習の基礎を専門家に学び、3日間の実習でひろくデータサイエンスのエッセンスを実際に一緒に体験しましょう。これら解析実習を行うと同時に、実習期間中には、技術の進展によっては変わらない古典的な生物学の知識や思考体系とは何であるかを参加者で議論します。

昨年同様、国立遺伝学研究所DDBJとの共催で、DDBJにおける塩基配列およびその他関連データベースの利用法についての講習も行います。

イベントを通じて、分野を超えた人的交流を進めるのも目的の一つです。臨海実験所に馴染みがない人、大規模データ解析には馴染みのない人、そういった人たちや所属研究室にそのようなノウハウがない人にほど、参加して欲しいと希望しています。とくに生命情報科学分野と動物学諸分野から、広く参加者を募集します。


Application / 応募方法

Please fill the registration items from the Registration page in this site. /

Registrationページに必要事項を入力してください

For inquiries about participation please contact us from the contact form. / 参加について問い合わせたい場合はコンタクト-ページからお問い合わせください。


Capacity / 募集人数

Quota : 15 people / 定員:15名.

We will close the registration form once all the places are taken.

15名程度。実習施設・実習内容から定員を15名までとします。


Eligibility for participation / 参加資格

Intended participants: graduate students and postdoctoral fellows.

Person who can be gained a permission to participate this event from his/her belonging institution/laboratory.

Person who is in insurance to compensate for injuries and liability for extracurricular activities such as Gakken-sai (JEES), etc. (Credit card accompanying insurance or similar items may be acceptable). We will check on this later after your registration. For your information, JEES insurance can be easily subscribed by Seikyo (co-op) of your university at the amount of about several hundred yen. If you don't know how to join, please contact RinkaiHack2019 committee (responsible: Takeshi Kawashima) from the Contact Page. /

想定参加者:大学院生、またはポスドク

所属機関・研究室から参加の許可を得られること

学研災学研賠等の課外活動に関する怪我や賠償責任を補償する保険 (クレジットカード付帯保険などそれに類するものでも可)に加入していること - 後ほど確認します。学研災等の保険は数百円程度の金額で、各大学等生協で簡単に加入できます。加入方法がわからない場合は、"問い合わせページ"からRinkaiHack2019運営委員(担当:川島)に問い合わせてください。

Date / 開催日時

June 9 (Sun), 2019 前日講演会: 運営委員による準備と、事前勉強会を行います。

June 10(Mon) - June 12 (Wed), 2019

(We can also offer accommodation before (June 9 ) and after (for June 13 and 14) the events, so please apply on the registration page if you need.)

June 13(Thu) , 2019 Writingthon: 期間中の成果まとめを行います。

2019年6月10日(月)-6月12日(水) (希望者は前後泊が可能ですのでregistrationページから申し出てください。)

なお、運営委員は前日準備に9日、Hands-onの10-12日、Writingthonの13-14日を合わせ、6日間を通しての開催となります。

Schedule for Participants: スケジュール


June 9 (San.) / 2019年6月9日 (日) [前日宿泊の方、および運営委員の方向け]


11:30 - 14:00 Arrival on Oki island / 各自 隠岐の島到着。フェリー(西郷港)もしくは飛行機(隠岐空港)

時間に合わせて送迎の車を出します。到着予定時間をご連絡ください。

送迎予定: 未定

15:00 - 19:30 prepared discussion meeting / 準備討論会議


June 10 (Mon.) / 2019年6月10日 (月)


11:30-14:00 Arrival on Oki island / 各自 隠岐の島到着。フェリー(西郷港)もしくは飛行機(隠岐空港)

時間に合わせて送迎の車を出します。

フェリー 11:25 西郷港 着 / 高速船 13:23 西郷港 着 / フェリー 14:00 西郷港 着 / JAL 14:00 隠岐空港 着

送迎予定:

第1便、14:05 西郷港 - 14:15 臨海実験所 (全員載せてから出発します)

第2便、14:25 隠岐港 - 14:45 臨海実験所 (全員載せてから出発します)

送迎は実験所スタッフによる公用車で行います。都合により、迎えが遅れる可能があります。 送迎の車に会えなくても1時間ぐらいは気長に待ってください。 心配になったら、臨海実験所まで直接電話してください。08512-2-1814

15:00 - 15:15 Opening remarks / 開会の挨拶

Explanation for the outline of this event, facility, safety, emergency, etc.) /

内容:この会についての説明、および施設、安全、緊急時対応についての説明。


15:15 - 17:15 Keynote Lecture / 基調講演

Lecturer: Ichigaku Takigawa / 講師 瀧川一学 (Riken, 北大)

内容: 機械学習に関する初心者向け講習会。機械学習の概要と、この後の実習に関連した背景知識について


16:30 - 18:30 Hands-on course / 実習

実習1

"Is it possible to discriminate between male and female by color pattern? "

Lecturer: Masa-aki Yoshida / 講師 吉田真明

内容: ヒトデのカラーパターンからオスメス認識が可能かどうか、吉田さんによる実習付き講習会です。

実習2

“Do it yourself”

Video lecture by Eri Kaminuma / ビデオ講義、講師:神沼英里

Support Instructors: Mayuko Hamada, Takeshi Kawashima, Davin Setiamarga, Norio Miyamoto, Hiroki Ono, Masa-aki Yoshida. / ビデオ講義 講師 神沼英里、補助講師 濱田麻友子、川島武士、スティアマルガ デフィン、宮本教生、小野廣記

内容: 運営委員が過去2年間集めた1000枚ほどのイトマキヒトデの画像を使い、各自の工夫で、画像のDeep Learningを体験します。

18:30- Welcome Reception & Flash talks ( for introduce yourself ) / 歓迎会 自己紹介

内容:夕食。一段落したあたりで、自己紹介を兼ねたライトニングトークをしてもらいます。 合計4名の方についてはご自身の研究の口頭発表を予定しており、二日に分けて行います。


Lightning Talk / ライトニングトーク

19:30 - 19:33 参加者1

19:35 - 19:38 参加者2

19:40 - 19:43 参加者3

19:45 - 19:48 参加者4

19:50 - 19:53 参加者5

19:55 - 19:58 参加者6

20:00 - 20:03 参加者7

20:05 - 20:08 参加者8

20:10 - 20:13 参加者9 (講演は翌日)

20:15 - 20:18 参加者10 (講演は翌日)

20:20 - 20:23 参加者11

20:25 - 20:28 参加者12

Invited Lecture / 招待講演

20:40 - 21:00 (20min) Galipon Josephine


<stay at Oki marine station / 隠岐臨海実験所宿泊施設 >


June 11 (Tue.) / 2019年6月11日 (火)


8:00 - 9:30 Breakfast / 朝食

10:00 - 12:00 Field class at a beach / 野外実習

内容:プランクトンの採集と観察。希望者には、船に乗ってプランクトンネットを引いてもらい、採集したサンプルの顕微鏡観察をしてもらいます。

12:00 - 13:30 Lunch / 昼食

13:30 - 15:30 DDBJing

Lecturer1: Sakurai Nozomu / 講師1 櫻井 望 ( 国立遺伝学研究所, DDBJ)

Lecturer2: Takeshi Kawashima / 講師2 川島武士 ( 国立遺伝学研究所, DDBJ)

内容: メタボロームインフォマティクス 講習会。およびDDBJの利用方法についての講習会。

15:30 - 18:30 Hands-on course (Hackathon (with Advanced learners) or Zoology course ) / 各自のハッカソンか、動物学講習会に分かれます。


Zoological Course / 動物学講習会

15:30 - 15:50 (20min) 濱田麻友子 (岡山大学) 刺胞動物の生物学 (仮題)

16:00 - 16:20 (20min) 宮本教生 (JAMSTEC)環形動物の生物学 (仮題)

16:30 - 16:50 (20min) デフィン スティアマルガ (和歌山高専) 棘皮動物の生物学 (仮題)

17:00 - 17:20 (20min) 関口俊男 (金沢大学) 尾索動物の生物学 (仮題)


18:30 - 20:40 Dinner and presentation / 夕食と講演


Invited Lecture / 招待講演

19:30 - 19:50 (20min) 横井佐織

Oral Presentation / 一般講演

20:00 - 20:15 (15min) 安武由矢

20:20 - 20:35 (15min) 川戸智


20:40 - 21:10 Special Invited Lecture / 招待講演

Lecturer: Koh Onimaru / 講師 鬼丸洸 (Riken)

内容: DNA上のタンパク質結合モチーフ配列予測を例に、機械学習を分子進化発生学に用いたご自身の研究について、 Rikenの鬼丸さんに講演していただきます。


<stay at Oki marine station / 隠岐臨海実験所宿泊施設 >


June 12 (Wed.) / 2019年6月12日(水)


8:00 - 9:30 Breakfast / 朝食


9:30 - 11:00 Final wrap up / 成果発表会

内容:ハンズオンの結果発表、野外実習で観察した結果発表、期間中自分でねったアイデアなど、参加者に3日間の成果発表をしてもらいます。


11:00 - 後片付け、

11:45 - 11:50 closing remarks. / 閉会式

12:00 送迎自動車 出発 (西郷港、隠岐空港へ)

13:30 高速船 (松江市七類行き) 出発

14:40 JAL (伊丹行き)

15:10 フェリー(松江市七類行き) 出発

##########################################################

Program for the person who are planning extended stay / 延泊者向けスケジュール


12:00 - 15:00 free time / 自由時間

15:00 - 18:30 Write-thon / 報告書等作成

18:30 - 20:00 Dinner / 夕食

20:00 - 22:00 The review meeting / 反省会

内容:今回の反省と、次年度以降をどうするかについて意見交換会を行います。


<stay at Oki marine station / 隠岐臨海実験所宿泊施設 >


June 13 (Thu.) / 2019年6月13日 (木)


8:00 - 9:30 Breakfast / 朝食

9:30 - 11:00 Field research / 野外観察会

12:00 空港へ 送迎


##########################################################

Venue / 開催場所

Hands-on / ハンズオン (6/10-12)

Oki marine biological station, Shimane University

19 Kamo Okinoshima Oki Shimane 685-0024, Japan

島根大学生物資源科学部附属生物資源教育研究センター 隠岐臨海実験所

〒685-0024 島根県隠岐郡隠岐の島町加茂194

Tel: 08512-2-1814

Access / 移動経路

Notes on access / 移動経路全般について

For the reasons such as the parking space etc., please use the public transportation as much as possible. If you have a reason to use your own private car, please contact us in advance.

七類港には無料の駐車場があります。 七類港まで運転後、フェリーに乗り換えることができます。

隠岐島まで自家用車・バイクを持ち込まれる場合は航走料と事前予約が必要です。ご自身で隠岐汽船にご確認ください。自家用車の利用を希望する場合は、あらかじめご連絡ください。

Routes to the venue of hands-on training (the marine station of Shimane university)/ ハンズオン合宿会場(島根大学臨海実験所)への移動経路

隠岐の島・島後までの交通アクセスは主に3系統あります

飛行機: 大阪伊丹空港から約1時間、出雲空港から約30分

高速船: 本土(七類or境港)から西郷港まで1時間弱

フェリー: 本土(七類or境港)から島後まで約2時間30分

東京方面からは羽田から伊丹・出雲空港を経由して隠岐空港、もしくは米子空港を経由して高速船に乗り換えてください。

九州方面からは福岡空港から出雲空港を経由して隠岐空港に接続します。

近畿・中四国からはJRにて松江駅・米子駅まで、接続バスにて隠岐汽船乗り場行きに向かってください。

なお、フェリー・高速船の出港時間には必ず充分余裕をもってください。

下記のWeb siteも参考にしてください。

http://www.oki-geopark.jp/en/access/#tokyo

詳細はcontactページからお問い合わせいただければお答えいたします。


参加者の空港から臨海実験所間の往復のため、実験所所有の車での送り迎えサービスを予定しています。

Currently, we are planing to pick up the participants by car from the Oki Airport or Port Saigo to the marine station on the arrival time of Air-plain.


Accommodation: 宿泊場所

6/10-12の宿泊は隠岐臨海実験所内の宿泊施設です。男女は別で、3-4名で一部屋を相部屋で宿泊していただきます。特別な事情で、別途個別にホテル等を取りたい場合も、徒歩圏内にホテルや旅館等はありません。この場合は交通手段としてレンタル自転車の手配など行う他、あらかじめ"問い合わせページ"からRinkaiHack2019運営委員(担当:川島)にご連絡ください。

Participants will stay at the accommodation annexed to Oki Marine Station on June 10-13. The rooms are Japanese style, and 2-4 persons will share a one room. There are no other hotels within walking distance. If you have special reasons to stay at a hotel outside the marine station, please contact us.


What to bring: 持ち物

Clothing and other stuffs necessary for a trip of three nights. / 3泊4日の旅行にに必要なもの。衣類等

    • Marine stations is an educational research institution. Amenities such as towels and toothbrushes are not offered to accommodation facilities, so please be sure to bring them. / 向島臨海実験所は教育研究機関です。タオル・歯ブラシ等のアメニティは提供されませんので、必ず持参してください
    • There is no convenience store etc. in walking distance at all. / 徒歩圏内にコンビニエンスストアー等はまったくありません


Participation Fee (to be determined) / 参加費 (未定)

(The case of laste year as an example is shown below, / 昨年の例を下記に示します。)

Food expenses ¥2,000 / 食費¥2,000 (内訳; 朝食¥320x2, 昼食¥430x2, 夕食¥500x1)

Reception fee ¥1,000 / 懇親会費¥1,000

Total Fee ¥3,000 / 合計¥3,000


We don't charge accomodation expenses, training room usage fee, and training expense / 宿泊費、実習室利用料、実習費は徴収しません

Bringing local specialty products, local sake etc. from each participants is welcome. / 各参加者からの地元名産品、地酒等の持ち込みを歓迎します


Lecturers and Instructors / 講師・教員

Lecturers

Takeshi Kawashima (National Institute of Genetics) at June 10 (Sun) / 川島武士 かわしま たけし (NIG) 6月10日(日)

Ichigaku Takigawa (Riken ASP & Hokkaido Univ.) at June 10 (Sun) / 瀧川一学 たきがわ いちがく (理研, 北大) 6月10日(日)

Koh Onimaru (Riken) at TBA / 鬼丸 洸 おにまる こう (理研) TBA

TBA lecture 1 (TBA)

TBA lecture 2 (TBA)

Instructors

Takeshi Kawashima (National Institute of Genetics) : Evolutionary Biology and Comparative Genomics / 川島武士 かわしまたけし (遺伝研) : 進化生物学および比較ゲノム解析

Masa-aki Yoshida (Shimane University) : Evolutionary Biology and Comparative Genomics / 吉田真明 よしだまさあき (島根大隠岐臨海) :進化生物学および比較ゲノム解析

Mayuko Hamada (Okayama University) : Evolutionary Biology / 濱田麻友子 はまだまゆこ (岡山大牛窓臨海) : 進化生物学

Norio Miyamoto (JAMSTEC) / 宮本教生 みやもと のりお (JAMSTEC)

Hiroki Ono (Shimane University): Evolutionary Biology / 小野廣記 おのひろき(島根大隠岐臨海):進化生物学

Several others, in negotiations.


Participating / Committee members / 参加・運営メンバー

Committee members for Rinkaihackathon2019 / リンカイハッカソン2019 運営委員

Takeshi Kawashima (National Institute of Genetics) / 川島武士 かわしまたけし (遺伝研)

Masa-aki Yoshida (Shimane University) / 吉田真明 よしだまさあき (島根大隠岐臨海)

Mayuko Hamada (Okayama University) / 濱田麻友子 はまだまゆこ (岡山大牛窓臨海)

Norio Miyamoto (JAMSTEC) / 宮本教生 みやもと のりお (海洋研究開発機構)

Hiroki Ono (Shimane University): Evolutionary Biology / 小野廣記 おのひろき(島根大隠岐臨海)

Co-hosted by / 共催

Shimane University / 島根大学

DNA Data Bank of Japan / DDBJ

Supported by / 協力

ROIS Mirai Toushi / ROIS 未来投資

ROIS, National Institute of Genetics / ROIS 国立遺伝学研究所

Endorsed by / 推薦

The chair of the directors meeting for the Japanese National Marine and Inland Water Stations / 全国国立大学臨海・臨湖実験所所長会議・議長推薦

Acknowledgement / 謝辞

We thank to JSBi (Japanese Society for Bioinformatics) who has provided various supports since the beginning of this activity. / 我々の活動当初からのJSBi (日本バイオインフォマティクス学会) からの様々な援助に対し感謝いたします。

Links for preparation studies / 予習用リンク

Link for machine learning / 機械学習関連のリンク

Related to the scheduled lecture by Dr. Takigawa

TBA

Recommended books

TBA


Special Products and Delicious foods at Oki Is.

/ 隠岐島 のうまいものと名産品

・白いか、さざえ、岩牡蠣、アラメ、アカモクなど海産物

・隠岐牛!

・隠岐そば

・ベコ(アメフラシ)

隠岐観光協会HP: https://okigotouchi.com/pc/