これまでの発表
第1回 2021年12月10日 12:15~12:45
発表タイトル「Directed evolution of nonviral protein capsids packaging RNA」
N. Terasaka, Y. Azuma & D. Hilvert, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 115, 5432-5437 (2018).
S. Tetter, N. Terasaka, A. Steinauer et al., Science 372, 1220-1224 (2021).
第2回 2022年1月14日 12:15~12:45
発表者 ：本田 信吾 （東京大学大学院工学系研究科応用化学専攻）
発表タイトル「マイクロリアクターを使った新しいタンパク質工学技術」
S. Honda, Y. Minagawa, H. Noji & K.V. Tabata, Anal. Chem. 93, 13, 5494-5502 (2021).
第3回 2022年2月18日 12:15~12:45
発表タイトル「Chemical Design of Protein Assembly」
Y. Suzuki, G. Cardone, D. Restrepo, P.D. Zavattieri, T.S. Baker, F.A. Tezcan. “Self-Assembly of Coherently Dynamic, Auxetic Two-Dimensional Protein Crystals” Nature, 533, 369 – 373 (2016).
R. Alberstein, Y. Suzuki, F. Paesani, F.A. Tezcan. “Engineering the Entropy - Driven Energy Landscape of a Dynamic, Nanoporous Protein Assembly” Nature Chemistry, 10, 732 – 739 (2018).
R. Subramanian, Y. Suzuki, L. Tallorin, S. Sahu, M.P. Thompson, N.C. Gianneschi, M.D. Burkart, F.A. Tezcan. “Enzyme-Directed Functionalization of Designed, Two-Dimensional Protein Lattices” Biochemistry, 60, 13, 1050 – 1062 (2021).
第4回 2022年3月11日 12:15~12:45
発表タイトル「古代タンパク質はどれだけ簡単に作れるか」
S. Yagi, A. K. Padhi, J. Vucinic, S. Barbe, T. Schiex, R. Nakagawa, D. Simoncini, K. Y. J. Zhang, S. Tagami, "Seven Amino Acid Types Suffice to Create the Core Fold of RNA Polymerase" J. Am. Chem. Soc., 143, 15998–16006 (2021)
第5回 2022年4月15日 12:15~12:45
発表者 ：稲葉央 （鳥取大学学術研究院工学系部門応用化学講座）
発表タイトル「ペプチドを用いた微小管エンジニアリング」
H. Inaba, Y. Sueki, M. Ichikawa, A.M.R. Kabir, T. Iwasaki, H. Shigematsu, A. Kakugo, K. Sada, K. Matsuura, "Generation of stable microtubule superstructures by binding of peptide-fused tetrameric proteins to inside and outside" bioRxiv, (2022)
H. Inaba, T. Yamamoto, T. Iwasaki, A. Md. R. Kabir, A. Kakugo, K. Sada and K. Matsuura, "Stabilization of microtubules by encapsulation of the GFP using a Tau-derived peptide", Chem. Commun., 55, 9072–9075 (2019)
H. Inaba, T. Yamamoto, A. Md. R. Kabir, A. Kakugo, K. Sada and K. Matsuura, "Molecular Encapsulation Inside Microtubules Based on Tau Derived Peptides", Chem. Eur. J., 24, 14958–14967 (2018).
第6回 2022年5月13日 12:15~12:45
発表タイトル「アロステリック部位を設計して回転分子モーターを制御する」
T. Kosugi, T. Iida, M. Tanabe, R. Iino and N. Koga, "De Novo Design of Allosteric Control into Rotary Motor V1-ATPase by Restoring Lost Function", bioRχiv 2020.09.09.288571 (2020).
第7回 2022年6月17日 12:15~12:45
発表者 ：岡本泰典 （東北大学 学際科学フロンティア研究所）
発表タイトル「オオカミの皮を被った羊戦略による人工金属酵素の応用展開」
Y. Okamoto, R. Kojima, F. Schwizer, E. Bartolami, T. Heinisch, S. Matile, M. Fussenegger & T. R. Ward, Nat. Commun. 9, 1943 (2018).
第8回 2022年7月15日 12:15~12:45
発表者 ：増渕 岳也 （カリフォルニア大学サンディエゴ校）
発表タイトル「DNAオリガミを用いた遺伝子発現制御チップの作製」
T. Masubuchi, M. Endo, R. Iizuka, A. Iguchi, DH. Yoon, T. Sekiguchi, H. Qi, R. Iinuma, Y. Miyazono, S. Shoji, T. Funatsu, H. Sugiyama, Y. Harada, T. Ueda & H. Tadakuma "Construction of integrated gene logic-chip." Nature nanotechnology 13, 933–940 (2018).
第9回 2022年8月19日 12:15~12:45
発表タイトル「構造情報に基づいたタンパク質改変の可能性と限界」
T. Arimori, Y. Kitago, M. Umitsu, Y. Fujii, R. Asaki, KT. Kawakami, J. Takagi, “Fv-clasp: An artificially designed small antibody fragment with improved production compatibility, stability, and crystallizability” Structure 25, 1611-1622 (2017)
Y. Higuchi, T. Suzuki, T. Arimori et al., “Engineered ACE2 receptor therapy overcomes mutational escape of SARS-CoV-2" Nat. Commun. 12, 3802 (2021)
第10回 2022年9月9日 12:15~12:45
発表者 ：那須 雄介（東京大学大学院理学系研究科化学専攻）
発表タイトル「タンパク質工学による蛍光バイオセンサーの開発」
Nasu Y., Shen Y., Kramer L., Campbell R. E., “Structure- and mechanism-guided design of single fluorescent protein-based biosensors”, Nature Chemical Biology, 17, 509−518 (2021).
Nasu Y., et al. “A genetically encoded fluorescent biosensor for extracellular L-lactate”, Nature Communications, 12, 7058 (2021).
第11回 2022年10月14日 12:15~12:45
発表タイトル「細胞内タンパク質結晶エンジニアリング」
S. Abe, J. Tanaka, M. Kojma,S. Kanamaru, K. Hirata, K. Yamashita, A. Kobayashi, and T. Ueno, “Cell-free Protein Crystallization for Nanocrystal Structure Determination”, bioRxiv (2021)
S. Abe, T. T. Pham, H. Negishi, K. Yamashita, K. Hirata and T. Ueno, “Design of an In-Cell Protein Crystal for the Environmentally Responsive Construction of a Supramolecular Filament”, Angew. Chem. Int. Ed., 60, 12341-12345 (2021).
第12回 2022年11月25日 12:15~12:45
発表者 ：秋本 楽（ETH Zurich, Laboratory of Organic Chemistry）
発表タイトル「配列選択的なタンパク質リシン残基のアシル化法およびユビキチン化への展開」
Gaku Akimoto, Arianna P. Fernandes, Jeffrey W. Bode, “Site-specific protein ubiquitylation using an engineered, chimeric E1 activating enzyme and E2 SUMO conjugating enzyme Ubc9” ACS Cent. Sci. 2022, 8, 275-281.
Raphael Hofmann, Gaku Akimoto, Thomas Wucherpfennig, Cathleen Zeymer, Jeffrey W. Bode, “Lysine acylation using conjugating enzymes for site-specific modification and ubiquitination of recombinant proteins” Nat. Chem. 2020, 12, 1008-1015.
第13回 2022年12月23日 12:15~12:45
発表者 ：野地 真広 （京都大学人間・環境学研究科・学振PD）
発表タイトル「透析アミロイドーシスの新たな発症リスク因子の解明」
Kichitaro Nakajima, Keiichi Yamaguchi, Masahiro Noji, César Aguirre, Kensuke Ikenaka, Hideki Mochizuki, Lianjie Zhou, Hirotsugu Ogi, Toru Ito, Ichiei Narita, Fumitake Gejyo, Hironobu Naiki, Suguru Yamamoto & Yuji Goto "Macromolecular crowding and supersaturation protect hemodialysis patients from the onset of dialysis-related amyloidosis" Nature Communications volume 13, Article number: 5689 (2022)
第14回 2023年1月27日 12:15~12:45
発表者 ：小野田 浩宜（名古屋大学 シンクロトロン光研究センター）
発表タイトル「Cryo-EMで捉えたタンパク質の構造変化を構造予測AIで追跡する方法」
Amika Kikuchi, Hiroki Onoda, Kosuke Yamaguchi, Satomi Kori, Shun Matsuzawa, Yoshie Chiba, Shota Tanimoto, Sae Yoshimi, Hiroki Sato, Atsushi Yamagata, Mikako Shirouzu, Naruhiko Adachi, Jafar Sharif, Haruhiko Koseki, Atsuya Nishiyama, Makoto Nakanishi, Pierre-Antoine Defossez & Kyohei Arita "Structural basis for activation of DNMT1" Nature Communications volume 13, Article number: 7130 (2022)
第15回 2023年2月24日 12:15~12:45
発表者 ：Paola Laurino（OIST 沖縄科学技術大学院大学）
発表タイトル「Insertions and deletions mediate cofactor specificity and functional transition」
Toledo-Patiño, S.; Pascarelli, S.; Uechi, G.; Laurino, P.* Insertions and deletions mediated functional divergence of Rossmann fold enzymes. PNAS, 2022, 119, 48, e2207965119
第16回 2023年3月10日 12:15~12:45
発表者 ：新津 藍（理研・開拓研究本部・さきがけ研究員）
K. R. Mahendran, A. Niitsu, L. Kong, A. R. Thomson, R. B. Sessions, D. N. Woolfson and H. Bayley, Nat. Chem., 2017, 9, 411-419.
A. J. Scott, A. Niitsu, H. T. Kratochvil, E. J. M. Lang, J. T. Sengel, W. M. Dawson, K. R. Mahendran, M. Mravic, A. R. Thomson, R. L. Brady, L. Liu, A. J. Mulholland, H. Bayley, W. F. DeGrado, M. I. Wallace and D. N. Woolfson, Nat. Chem., 2021, 13, 643-650.
第17回 2023年4月21日 12:15~12:45
発表者 ：青木 航（現：大阪大学 生物工学専攻 元：京都大学大学院・農学研究科）
Yuishin Kosaka, Yumi Miyawaki, Megumi Mori, Shunsuke Aburaya, Mao Fukuyama, Mitsuyoshi Ueda, Wataru Aoki, "Reconstitution of ribosome self-replication outside a living cell", bioRxiv (2022)
第18回 2023年5月12日 12:15~12:45
発表者 ：橋本 講司（東京大学大学院総合文化研究科 助教）
発表タイトル「人工塩基対で大腸菌をプログラムする」
Emil C. Fischer, Koji Hashimoto, Yorke Zhang, Aaron W. Feldman, Vivian T. Dien, Rebekah J. Karadeema, Ramkrishna Adhikary, Michael P. Ledbetter, Ramanarayanan Krishnamurthy & Floyd E. Romesberg "New codons for efficient production of unnatural proteins in a semisynthetic organism", Nature Chemical Biology volume 16, pages570–576 (2020)
Koji Hashimoto, Emil C. Fischer, and Floyd E. Romesberg, "Efforts toward Further Integration of an Unnatural Base Pair into the Biology of a Semisynthetic Organism", J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 23, 8603–8607
第19回 2023年6月23日 12:15~12:45
T. Miki,* T. Nakai, M. Hashimoto, K. Kajiwara, H. Tsutsumi & H. Mihara, "Intracellular artificial supramolecules based on de novo designed Y15 peptides." Nat. Commun. 12, 3412 (2021)
T. Miki,* K. Kajiwara, S. Nakayama, M. Hashimoto & H. Mihara, "Effects of hydrophobic residues on the intracellular self-assembly of de novo designed peptide tags and their orthogonality." ACS Synth. Biol. 11, 2144–2153 (2022)
第20回 2023年8月25日 12:15~12:45
発表タイトル「変わった化学構造を持つ環状ペプチドによる標的認識の構造基盤」
Takayuki Katoh, Toru Sengoku, Kunio Hirata, Kazuhiro Ogata & Hiroaki Suga, Nat. Chem. 12, 1081–1088 (2020)
Alexander A. Vinogradov, Yue Zhang, Keisuke Hamada, Jun Shi Chang, Chikako Okada, Hirotaka Nishimura, Naohiro Terasaka, Yuki Goto*, Kazuhiro Ogata, Toru Sengoku, Hiroyasu Onaka, and Hiroaki Suga, J. Am. Chem. Soc. 144, 44, 20332–20341 (2022)
第21回 2023年10月20日12:15~12:45
発表者 ：佐久間 守仁 (ブリティッシュコロンビア大学・マイケルスミス研究所)
発表タイトル「酵素の分子個性のダイバーシティは酵素進化のバロメーターとなる」
M. Sakuma, S. Honda, H. Ueno, K. V. Tabata, K. Miyazaki, N. Tokuriki, H. Noji, Genetic Perturbation Alters Functional Substates in Alkaline Phosphatase. J. Am. Chem. Soc. 145, 2806–2814 (2023).
第22回 2023年11月10日12:15~12:45
発表者 ：松林 英明 (東北大学・学際科学フロンティア研究所)
発表タイトル「細胞運動を駆動するPI3Kの新規制御機構の解明とアクチン系の再構成」
H. T. Matsubayashi, J. Mountain, T. Yao, A. F. Peterson, A. D. Roy, T. Inoue, Non-catalytic role of phosphoinositide 3-kinase in mesenchymal cell migration through non-canonical induction of p85β/AP-2-mediated endocytosis, bioRxiv.
第23回 2023年12月15日12:15~12:45
発表者 ：中野 祥吾 (静岡県立大学 食品栄養科学部 食品生命科学科)
S. Nakano et al., Deracemization and Stereoinversion to Aromatic D-Amino Acid Derivatives with Ancestral L-Amino Acid Oxidase, ACS Catalysis, 9(11), 10152-10158, 2019
Abstract: データベースに登録された膨大な数のタンパク質アミノ酸配列データを有効活用して、産業応用酵素をデザインする研究が注目されている。本発表ではタンパク質再設計法の一つである祖先型設計法 (ASR法) を用いた酵素デザインについて紹介する。発表者がこれまで実施してきた、祖先型L-アミノ酸酸化酵素 (AncLAAOs) (ref. 1)を 含む各種産業応用酵素の設計と構造機能解析を通して、ASR法で高機能化酵素をデザインする上での注意点と今後の課題ついて共有したい。
第24回 2024年1月26日12:15~12:45
発表者 ：髙田 咲良 (慶應義塾大学大学院 理工学研究科 基礎理工学専攻)
発表タイトル「人工細胞系により理解する細胞分裂を制御する反応拡散波の制御原理」
第25回 2024年2月16日12:15~12:45
発表者 ：川上了史 (慶應義塾大学理工学部・専任講師)
Naoya Ohara, Norifumi Kawakami*, Ryoichi Arai, Naruhiko Adachi, Toshio Moriya, Masato Kawasaki, and Kenji Miyamoto*, Reversible Assembly of an Artificial Protein Nanocage Using Alkaline Earth Metal Ions. J. Am. Chem. Soc. 2023, 145, 1, 216–223.
Maika Yamashita, Dr. Norifumi Kawakami, Prof. Kenji Miyamoto, Hydrophobization of a TIP60 Protein Nanocage for the Encapsulation of Hydrophobic Compounds. ChemPlusChem Volume 88, Issue 3 e202200392 (2023)
第26回 2024年4月12日12:15~12:45
発表タイトル「無細胞合成系による人工設計ナノポア形成ペプチドの迅速合成」
Shoko Fujita, Izuru Kawamura, Ryuji Kawano. "Cell-Free Expression of De Novo Designed Peptides That Form β-Barrel Nanopores", ACS Nano, 17, 4, 3358-3367 (2023).
第27回 2024年5月23日12:15~12:45
発表者 ：大岡 紘治 (東京大学 教養学部附属教養教育高度化機構 社会連携部門)
発表タイトル「構造ベースの統計物理学モデルによるタンパク質のフォールディング反応機構の解析」
Ooka, K. & Arai, M. "Accurate prediction of protein folding mechanisms by simple structure-based statistical mechanical models." Nature Communications, 14(1), 6338 (2023).
第28回 2024年8月14日 16:00~17:00（予定）東京工業大学地球生命研究所でのハイブリッドセミナー
発表者 ：齋藤 諒（Broad Institute of MIT and Harvard）
発表タイトル「Harnessing natural diversity for development of molecular tools」
J Strecker, A Ladha, Z Gardner, JL Schmid-Burgk, KS Makarova, EV Koonin, F Zhang, Science 2019 Jul 5;365(6448):48-53
M Saito, A Ladha, J Strecker, G Faure, E Neumann, H Altae-Tran, RK Macrae, F Zhang, Cell 2021 Apr 29;184(9):2441-2453.e18.
G Faure, M Saito, S Benler, I Peng, YI Wolf, J Strecker, H Altae-Tran, E Neumann, D Li, KS Makarova, RK Macrae, E V Koonin, F Zhang, Mol Cell 2023 Jun 15;83(12):2122-2136.e10.
M Saito, P Xu, G Faure, S Maguire, S Kannan, H Altae-Tran, S Vo, AA Desimone, RK Macrae, F Zhang, Nature 2023 Aug;620(7974):660-668.