Pesantren Qur’an elTAHFIDH berdiri pada awalnya di desa Cigombong, Cijeruk, Bogor sejak September 2005, dan mulai beroperasi sejak tanggal 3 Desember 2005, dengan nama Salamah litahfidzil Qur’an. Salamah litahfidzil Qur’an dimulai dengan program Da’i Hafidh Qur’an, dengan tahap awal sejumlah 34 santri/mahasantri pada tanggal 3 Desember 2005 tersebut, akan tetapi sejak Februari 2006 menjadi 33 santri/mahasantri.
Pelaksanaan program pendidikan ini dilakukan diatas lahan dan bangunan yang dimiliki oleh bapak Ir. Ibnu Pratomo, selaku pemilik dan pemodal awal atas kegiatan operasional pesantren. Sedangkan program yang dijalankan ada program Da’i Hafidh Qur’an, dengan konsep Hafidh Qur’an, berakhlak Al-Qur’an, berilmu pengetahuan sosial dan teknologi, mandiri dan berjiwa intreprenuer sesuai dengan visi-nya Pesantren Qur’an elTAHFIDH sekarang.
Penyusunan Visi, Misi, Tujuan, Sasaran dan Strategi (VMTSS) Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS) elTAHFIDH dilatarbelakangi untuk mendukung program da’i hafal Qur’an Pesantren Qur’an elTAHFIDH yang memiliki visi untuk Mencetak 8000 Da’i Hafal Qur’an yang berakhlak Qur’ani, memiliki kafaah syari’ah, berwawasan ilmu pengetahuan dan teknologi, berjiwa entrepreneur serta berijazah S-1 pada tahun 2030 (Indonesia Baru).
Dengan dijiwai dan disemangati dari gagasan Founder dan CEO Pesantren Qur’an elTAHFIDH Abi H Jhon Edy Rahman, S.H.,M.Kn. yang berkeinginan untuk mendirikan lembaga pendidikan Islam (Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah elTAHFIDH) yang dapat mendukung visi Pesantren Qur’an elTAHFIDH yaitu mencetak lulusan atau da’i yang memiliki kafa’ah syari’ah dan berijazah S1.