Para santri biasanya bangun atau dibangunkan pada pukul 02.00 pagi untuk melakukan solat malam (solat tahajud, solat hajad, solat tasbih, dan sebagainya), zikir, dan doa sepertiga malam yang terakhir yang diyakini merupakan waktu yang mustajab (berkesan) untuk memanjatkan doa kepada Allah. Bagi santri yang tidak mengantuk dan masih mempunyai semangat akan terus melakukan doa hingga menjelang waktu solat subuh. Setelah menunaikan solat subuh, para santri mengaji Al-Quran secara umum, Pengajian yang diadakan di masjid Al-Fatah ini diikuti oleh semua kumpulan pembelajaran. Aktiviti ini berlangsung hingga pukul 06.00. Setelah itu para santri melaksanakan piket kebersihan bagi yang terjadwal, bagi yang tidak ada jadwal persiapan makan pagi dan sekolah. Pada umumnya mereka melakukan persiapan sekolah dan ada juga yang mencuci pakaian bagi yang tidak sekolah. Mereka makan pagi mulai pukul 06.30. dilanjutkan sekolah.

Pelajaran bermula pukul 08.00 hingga pukul 09.30 bagi yang tidak sekolah. Selepas istirahat selama setengah jam, mereka belajar lagi dari pukul 10.00 hingga pukul 11.00. Setelah itu mereka diberi kesempatan untuk beristirahat hingga solat dzuhur. Kegiatan selanjutnya adalah makan tengah hari dan rehat hingga pukul 13.30. selepas itu mereka menerima pelajaran lagi hingga waktu solat asar sekitar pukul pukul 15.00. Setelah solat mereka kembali melaksanakan pembersihan bagi yang terjadwal dan ada juga yang berehat sambil nderes atau memperdalam kitab secara sendirian ataupun dengan teman-teman kumpulan ataupun sekadar membaca al-Quran. Setelah pukul 17.00 mereka persiapan mandi,

Setelah mandi dan makan petang mereka bergegas ke masjid untuk persiapan solat maghrib. Sambil menunggu imam solat, biasanya mereka membaca al-Quran. Setelah solat maghrib dilanjutkan dengan nasihat dari pengurus pondok ataupun dari ustad. Aktiviti ini berlangsung hingga menjelang solat isya '. Setelah solat isya 'dilanjutkan dengan pelajaran hingga pukul 09.45. Setelah itu para santri dipersilahkan untuk berehat tidur. Namun demikian biasanya nderes terlebih dahulu sebelum tidur. Mereka dibangunkan pukul 02.00 malam. Apa yang menarik adalah setelah bangun mereka perlu mengadakan apel sesuai dengan kumpulan masing-masing dan diabsen untuk melakukan solat malam dan doa sepertiga malam yang terakhir.

Selain aktiviti harian sebagaimana yang digambarkan di atas juga ada kegiatan mingguan. Kegiatan ini khsusus untuk melatih para santri untuk dapat berorasi di depan awam. Kegiatan ini dilakukan setiap hari Rabu pukul 18.30 yang dilakukan secara berkelompok dan bergilir-gilir. Tidak ada kegiatan bulanan secara khsusus di Pondok Pesantren Al-Fatah Palembang. Sementara itu kegiatan semesteran atau semesteran berupa khataman Al-Quran, kemudian enam bulan berikutnya khataman Al-Quran lagi, dan seterusnya.