La estructura orgánica de la Universidad Nacional de Moquegua, está en relación a sus fines, objetivos y funciones generales en concordancia con la Ley Universitaria, Estatuto de la Universidad y demás documentos legales vigentes. Para ello, los órganos que lo conforman son los siguientes:
ÓRGANOS DE ALTA DIRECCIÓN
Asamblea Universitaria
ÓRGANO DE CONTROL INSTITUCIONAL
Consejo Universitario
Rectorado
Vicerrectorado Académico
Vicerrectorado de Investigación
ÓRGANOS ESPECIALES
Tribunal de Honor
Defensoría Universitaria
Comisión Permanente de Fiscalización
Órgano de Control Institucional
ÓRGANOS DE ASESORAMIENTO
Oficina de Asesoría Jurídica
Oficina de Planeamiento y Presupuesto
Unidad de Presupuesto
Unidad Formuladora
Unidad de Planeamiento y Modernización
Oficina de Gestión de la Calidad
Oficina de Cooperación y Relaciones Internacionales
Oficina de Comunicación e Imagen Institucional
ÓRGANOS DE APOYO
Secretaría General
Dirección General de Administración
Unidad de Recursos Humanos
Unidad de Abastecimiento
Unidad de Contabilidad y Tesorería
Unidad de Servicios Generales
Unidad Ejecutora de Inversiones
Oficina de Tecnologías de Información
ÓRGANOS DE LÍNEA
Consejo de Facultad
Decanato
Escuelas Profesionales
Departamentos Académicos
Unidad de investigación
Unidad de Posgrado
Escuela de Posgrado
ÓRGANOS DE LÍNEA DEL VICERRECTORADO ACADÉMICO
Dirección de Admisión
Dirección de Actividades y Servicios Académicos
Dirección de Bienestar Universitario
Dirección de Proyección Social y Extensión Cultural
ÓRGANOS DE LÍNEA DEL VICERRECTORADO DE INVESTIGACIÓN
Dirección de Innovación y Transferencia Tecnológica
Dirección de Incubadora de Empresas
Instituto Investigación
Dirección de Productos de Bienes y Servicios
ÓRGANOS DESCONCENTRADOS
Filiales