Pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di LP2KM STT Aletheia dirancang berdasarkan arahan UU 12 tahun 2012 tentang Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat, Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat. Adapun konten penelitian disesuaikan dengan Visi dan Misi Sekolah Tinggi Teologi (STT) Aletheia sehingga pelaksanaan penelitian dapat berjalan dengan maksimal. Pengajuan form penelitian atau pengabdian kepada masyarakat kepada LP2KM Form dapat diajukan pada bulan September untuk semester ganjil, sedangkan semester genap form dapat diajukan pada bulan Februari. Persetujuan form penelitian atau pengabdian kepada masyarakat oleh LPPM Setelah form pengajuan disetujui oleh LPPM dan Ketua STT Aletheia, maka dana untuk penelitian dan pengabdian kepada masyarakat akan diberikan kepada yang mengajukan. Dalam pelaksanaannya, penelitian diatur menjadi dua jenis penelitian utama yang mencakup:

1. Bidang Penelitian Internal

Penelitian internal merupakan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang dilaksanakan oleh LP2KM secara mandiri dengan melibatkan seluruh bagian dari STT Aletheia, mencakup dosen dan mahasiswa. Dana untuk penelitian internal berasal dari dana program kerja LP2KM STT Aletheia yang disetujui dalam rapat kerja tahunan STT Aletheia. Secara umum, penelitian internal menekankan:

a. Pemikiran reformed yang kritis, kepemimpinan hamba (servant-leadership), dan nilai-nilai yang sesuai dengan karakter Kristus (christ-like).

b.   Diseminasi hasil penelitian internal yang holistik

Diseminasi penelitian internal diupayakan dengan:

1). Mendorong peneliti dari kalangan STT Aletheia untuk menerbitkan hasil penelitian internal dalam bentuk artikel jurnal maupun buku, sehingga dapat dijangkau pihak luas;

2). Memproses Jurnal Sola Gratia supaya terakreditasi SINTA.

3) Menerbitkan buku hasil karya dosen dengan ISBN dari LP2KM STT Aletheia.

2. Bidang Penelitian Eksternal

Secara umum, penelitian eksternal fokus pada penelitian yang bersifat kerjasama dengan rekanan STT Aletheia. Dalam hal ini, ada dua rekanan utama Sekolah Tinggi Teologi Aletheia:

a.  Penelitian dengan Kerjasama Kementerian Riset dan Teknologi

Sebagai usaha mendukung program pemerintah dalam hal penelitian, STT Aletheia dengan konsisten melengkapi setiap sivitas akademika, serta administrasi, sehingga dapat terlibat dalam program penelitian yang diselengarakan oleh pemerintah. Dalam hal ini, STT Aletheia mendorong dosen dan mahasiswa untuk mengikuti call for papers (seperti: konferensi ICONTHCE) maupun ajang penelitian lainnya yang disediakan oleh pemerintah.

b. Penelitian dengan Pihak Eksternal Mandiri

LP2KM STT Aletheia melakukan kerjasama dengan Lembaga Penelitian organisasi Kristen maupun Pendidikan Tinggi dalam rangka mewujudkan penelitian yang berkualitas. Area Kerjasama mencakup penelitian bersama dalam tiga fokus utama penelitian Sekolah Tinggi Teologi Aletheia, penerbitan karya ilmiah, serta supervisi karya ilmiah (Jurnal Teologi Aletheia). Untuk tahun 2023- 2026, LP2KM STT Aletheia akan membentuk pusat kajian bersama dengan LP2KM STT SAAT sehingga peneliti dari kedua Lembaga memiliki wadah. Selain itu, MoA penelitian juga dilakukan kedua lembaga sebagai wujud pengembangan penelitian yang holistik.