SMA Stella Duce 2, Yogyakarta, terletak di Jalan Dr. Sutomo No. 16, Kelurahan Baciro, Kecamatan Gondokusuman, Yogyakarta, dengan luas area sekitar 1556m 2 . Lokasinya berbatasan dengan Kompleks Asrama Putri Trenggono utara, SMP Kanisius Gayam barat, Kampung Mangkukusuman timur dan selatan. SMA Stella Duce 2 ini berjarak kurang lebih 200m dari jalan raya sehingga tidak terganggu oleh kebisingan lalu lintas. Sekolah ini memiliki bangunan yang cukup permanen dan kokoh, dan juga ditunjang suasana sekolah yang bersih, nyaman dan asri. Bangunan dan taman yang sungguh terawat begitu mendukung iklim belajar-mengajar yang kondusif. Keamanan bangunan sekolah ini cukup terjamin dengan adanya pagar sekolah yang kokoh. Keberadaan SMA Stella Duce 2, Yogyakarta, ini juga didukung oleh asrama putri yang menampung 120 siswi, sehingga semakin memudahkan upaya pembinaan dan pendidikan siswi asrama.

Dalam proses belajar-mengajar, SMA Stella Duce 2, Yogyakarta, memiliki sarana dan prasarana pendukung seperti: 

• 15 ruang kelas 5 ruang kelas X, 5 ruang kelas XI, dan 5 ruang kelas XII

• 1 ruang kepala sekolah

• 1 ruang guru

• 1 ruang Tata Usaha TU 76

• 2 ruang tamu

• 1 ruang perpustakaan

• 1 ruang Bimbingan dan Konseling BK

• 1 ruang Usaha Kesehatan Sekolah UKS

• 4 ruang Laboratorium 1 Laboratorium Kimia, 1 Laboratorium Biologi, 1 Laboratorium Fisika, dan 1 Laboratorium Bahasa

• 1 ruang komputer

• 1 ruang multimedia

• 1 kantin

• 1 ruang OSIS

• 2 gudang

• 1 ruang serba gunaaula

• 1 pendopo

• 13 toilet

• 2 tempat parkir guru dan siswi

• 1 asrama putri 

Secara keseluruhan, lingkungan fisik SMA Stella Duce 2, Yogyakarta, sudah cukup mendukung dan memadai sebagai tempat yang digunakan untuk menuntut ilmu pengetahuan. SMA Stella Duce 2, Yogyakarta, memiliki lokasi yang cukup strategis karena mudah dijangkau oleh siswi yang akan menuntut ilmu di SMA Stella Duce 2 Yogyakarta.