Profesor invitado para las clases marcadas en Azul
Introducción:
El desarrollo y aplicación de herramientas para manejo, análisis e interpretación de datos experimentales ha cobrado un papel central en diversas áreas del conocimiento. Ejemplo de esta situación es el desarrollo que en la última década han tenido las plataformas para análisis cuantitativo de imágenes generadas por microscopía. En este contexto, este curso proporciona al estudiante una formación básica para conocer, comprender y aplicar herramientas modernas de análisis de datos experimentales obtenidos en el contexto de microscopía. El contenido del curso incluye la introducción a herramientas para procesamiento de datos basadas en software libre.
Objetivos:
Proporcionar al estudiante conocimientos teóricos y prácticos sobre la adquisición y procesamiento de imágenes generadas en el contexto de sistemas biológicos y microscopía óptica.
Que el estudiante adquiera conocimientos teóricos y prácticos en microscopía óptica.
Proporcionar al estudiante una perspectiva de las aplicaciones que herramientas modernas de análisis tienen en su campo de trabajo.
Contenido tematico
Microscopía óptica
Procesamiento de imágenes digitales
Segmentación
Detección de discontinuidades
Umbrales
Técnicas basadas en regiones y contexto
Operaciones morfológicas
Sesión Práctica
Microscopía de fluorescencia y aplicaciones
Presentación de proyectos
Objetivos del proyecto, datos experimentales con los que cuentan, factibilidad técnica en tiempo y recursos, metodología propuesta.
Asesoría de proyectos
Espacio para que los alumnos consulten a los profesores del curso sus dudas y proporcionen asesorías a los alumnos sobre sus proyectos.
Topicos complementarios
Análisis de imágenes en sistemas biológicos: Aplicaciones
Aprendizaje máquina
Redes neuronales convolucionales.
Análisis estadístico de datos en imágenes de microscopía de fluorescencia.
Evaluación de proyectos
Criterios de evaluación
Exámenes: 30%
Asistencia: 10%
Presentación de Proyecto: 60%
Bibliografía
Imaging Cellular and Molecular Biological Functions Editors: Spencer L. Shorte Friedrich Frischknecht.
Digital Image Processing, R.C. Gonzalez & R.E. Woods, Prentice Hall, 3rd ed. 2008.
Training Manual v. 2.0. Centre for Advanced Microscopy Ludwing Institute for Cancer Research. Cameron J. Nowell.
Basic Concepts of Probability and Statistics Second Edition J. L. Hodges, Jr. and E. L. Lehmann.
Mathematical Models in Biology Leah Edelstein-Keshet.
Molecular Expressions: Images from the Microscope (http://microscopy.fsu.edu).
Nikon MicroscopyU (http://www.microscopyu.com).
Olympus Microscopy Resource Center (http://www.olympusmicro.com).
Olympus FluoView Resource Center (http://www.olympusconfocal.com).