Родился 27 июня 1967 года в деревне Острожное Дзержинского района Калужской области (Россия). Русский. Окончил 8 классов средней школы в селе Острожное в 1981 году и профессионально-техническое училище. Работал трактористом в совхозе «Остроженский».

В Вооруженные Силы СССР призван 11 октября 1985 года Дзержинским районным военным комиссариатом. 

В Республике Афганистан с апреля 1986 года. Служил водителем. Неоднократно участвовал в боях. Прохоров Сергей Николаевич - водитель, гвардии рядовой.

5 июня 1987 года во время боя у одного из населенных пунктов в провинции Кандагар рядовой Прохоров был смертельно ранен осколками гранаты. Похоронен на кладбище деревни Галкино Дзержинского района Калужской области (Россия). Награжден орденом Красной звезды (посмертно), медалью «За боевые заслуги».