Pada tahap tes psikologi, peserta akan diuji oleh tim dari UM Maulana Malik Ibrahim Malang. Tes ini bertujuan untuk menilai potensi, kepribadian, serta kesiapan mental calon peserta didik dalam mengikuti pembelajaran di MTsN 3 Malang. Sementara itu, tes akademik akan didampingi oleh guru-guru dari MTsN 3 Malang, yang akan menilai kemampuan siswa dalam mata pelajaran dasar yang menjadi fondasi pembelajaran di madrasah.

Selama dua hari pelaksanaan seleksi, calon peserta didik baru juga akan didampingi oleh OSIS dan MPK MTsN 3 Malang. Mereka akan membantu mengarahkan peserta, memberikan informasi seputar kegiatan madrasah, serta menciptakan suasana yang nyaman bagi calon siswa selama proses seleksi berlangsung. Seluruh tahapan seleksi akan dilaksanakan di MTsN 3 Malang, dengan pengawasan ketat dari tim penguji yang berpengalaman. Madrasah berharap dapat menjaring siswa-siswi yang tidak hanya berprestasi, tetapi juga memiliki semangat belajar tinggi dan karakter yang baik.