Гімназія була збудована на кошти багатого селянина Федора Кривця на початку ХХ ст. Проте перші документальні згадки датовано 1918 роком у звіті Повітового відділу освіти, де згадується, що на 15 жовтня 1918 року в початковій школі працювало 4 групи, в яких навчалося 140 дітей. Навчально-виховну роботу здійснювали 7 педагогів.

Бурхливі 50 роки – роки реформ і змін не залишили осторонь і нашої школи. У 1952 році вона була реорганізована в семирічку, восьмирічну, неповну середню.

З кожним роком кількість дітей збільшувалася. Класи були переповнені, тому на кошти колгоспу ім. Фрунзе було здійснено добудову. 1 вересня 1970 року школа гостинно відчинила двері нових класних кімнат.

20 серпня 1991 року рішенням виконкому Ніжинської міської ради неповна середня школа №13 була реорганізована в середню загальноосвітню.

Відповідно до частини І статті 35 Закону України «Про повну загальну середню освіту» 14 липня 2022 року заклад перейменовано в Ніжинську гімназію № 13 Ніжинської міської ради Чернігівської області зі структурним підрозділом початкова школа.