Nueva Carteya es un municipio con una estrecha vinculación con la arqueología. No en vano, desde la propia construcción del pueblo en 1822, el hallazgo de restos arqueológicos fue frecuente y el nombre con que se bautizó a la nueva población fue elegido por la existencia en el lugar de restos de un asentamiento antiguo.
Durante años, los restos arqueológicos que los vecinos fueron encontrando en el término municipal se depositaron en el Ayuntamiento, creando una colección con la que ya se hicieron algunas exposiciones a principios de los años 80 del siglo XX.
Sin embargo, fue con la creación de ACEPHACA (Asociación para la Conservación y el Estudio del Patrimonio, Histórico, Artístico, Cultural y Arqueológico) en junio del año 2000, cuando se dio comienzo a un movimiento ciudadano con el que se pretendía la regulación e institucionalización de esos fondos mediante la creación de un museo local.
La labor de concienciación de ACEPHACA durante las últimas dos décadas ha sido fundamental, ya que, mediante la organización de exposiciones temporales, no solo de carácter arqueológico, sino también histórico y etnográfico, visitas guiadas a yacimientos o ciclos de conferencias, fueron dando a conocer la existencia de un rico patrimonio histórico y evidenciando la necesidad de crear un museo.
A partir del año 2009 se puso en marcha un proyecto de inventariado de las piezas depositadas en el Ayuntamiento que llevó a cabo la empresa de Gestión del Patrimonio Arqueológico ARQVEOBETICA S.L., que finalmente sería la encargada de elaborar un Plan Museológico Final presentado a la Junta de Andalucía en marzo de 2022 con el fin de institucionalizar una realidad que viene existiendo desde 2019, cuando el museo abrió sus puertas de forma parcial.