Jaén o como fue nombrada fue fundada en 1549 por los españoles posteriormente en el año 1821 fue independizada de la corona española por JUAN ANTONIO CHECA, fue llamada JAÉN DE BRACAMOROS.
El origen de la ciudad de Jaén se remonta al período de Horizonte Tardío . Entre 1000 y 1500 años a. de C. grandes asentamientos humanos se localizaron en los valles de las actuales Provincias de Jaén, Bagua y San Ignacio. En la actualidad subsisten sus obras arquitectónicas y de cerámica. En el valle de Jaén se localiza el gran sitio arqueológico de Montegrande, con presencia de montículos y estilos cerámicos de la tradición Pre-Chavín: el Turuco, inmenso cementerio precolombino ubicado en Bellavista, Ingatambo en Pomahuaca. Otros similares se localizan en los valles de Chamaya, Shumba, Tabaconas, Chinchipe y Utcubamba. En estas ubérrimas tierras del nororiente peruano florecía la Cultura de los Jíbaros, a cuya etnia pertenecían los Huánbucos y Patagones asentados en el floreciente valle del Chuquimayo (Chinchipe), el nombre de Patagones, se debe a que hablaban la lengua Patagona.
El inca Huayna Cápac en su intento de someter a estos pueblos a la influencia del vasto Imperio de los Incas sufrió una catastrófica derrota, denominándolos Pukamoros, palabra quechua puka = rojo y muro = pintado, que significa pintados de rojo por la costumbre que tenían de ir medio desnudos, de cubrir sus partes anteriores y posteriores con un vestido corto o taparrabos o especie de faldas, y de pintarse el pecho y la cara de rojo, con la semilla de achiote, en sus fiestas y cuando iban a la guerra; estos pueblos abarcaban una región muy extensa del oriente amazónico, que abarcaban por lo menos las cuencas íntegras del río Chinchipe y del río Zamora y de las márgenes del río Santiago y del Marañón.